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Yorodumi- PDB-6emz: Structure of the Tn1549 transposon Integrase (aa 82-397, R225K) i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6emz | ||||||
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Title | Structure of the Tn1549 transposon Integrase (aa 82-397, R225K) in complex with circular intermediate DNA (CI5-DNA) | ||||||
Components |
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Keywords | RECOMBINATION / transposase protein - DNA complex / tyrosine recombinase / Y-transposase / Tn916-like conjugative transposon / antibiotic resistance transfer | ||||||
Function / homology | Function and homology information integrase activity / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus faecalis (bacteria) Clostridioides difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.79 Å | ||||||
Authors | Rubio-Cosials, A. / Barabas, O. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2018 Title: Transposase-DNA Complex Structures Reveal Mechanisms for Conjugative Transposition of Antibiotic Resistance. Authors: Rubio-Cosials, A. / Schulz, E.C. / Lambertsen, L. / Smyshlyaev, G. / Rojas-Cordova, C. / Forslund, K. / Karaca, E. / Bebel, A. / Bork, P. / Barabas, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6emz.cif.gz | 341.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6emz.ent.gz | 271.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6emz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6emz_validation.pdf.gz | 438.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6emz_full_validation.pdf.gz | 441.3 KB | Display | |
Data in XML | 6emz_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6emz_validation.cif.gz | 35.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6emySC 6en0C 6en1C 6en2C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36258.668 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R225K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis (bacteria) / Gene: int / Plasmid: pETM28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): pLysS / References: UniProt: Q7BP35 #2: DNA chain | | Mass: 13607.809 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Circular intermediate DNA / Source: (synth.) Clostridioides difficile (bacteria) #3: DNA chain | | Mass: 13469.710 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Circular intermediate DNA / Source: (synth.) Clostridioides difficile (bacteria) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M NH4-fluoride, 14% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.52→48.36 Å / Num. obs: 40207 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 13.29 / Net I/σ(I): 13.29 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.67 Å / Redundancy: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / CC1/2: 0.552 / Rsym value: 0.941 / % possible all: 79.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6EMY Resolution: 2.79→48.357 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 27.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.63 Å2 / Biso mean: 67.3522 Å2 / Biso min: 21.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.79→48.357 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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