+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b7c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Room temperature X-ray structure of perdeuterated PLL lectin in complex with L-fucose | ||||||
要素 | PLL lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / propeller (スクリュープロペラ) | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus laumondii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Visualization of hydrogen atoms in a perdeuterated lectin-fucose complex reveals key details of protein-carbohydrate interactions. 著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b7c.cif.gz | 122.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7b7c.ent.gz | 76.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7c | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41944.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii (バクテリア) 遺伝子: CKY10_20885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A329WTS5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 糖 | ChemComp-FUL / #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris/DCl, pD 8.1, 7% (w/v) PEG 8000 dissolved in D2O |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→46 Å / Num. obs: 74700 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 18.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 5479 / CC1/2: 0.86 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5c9o 解像度: 1.55→39.8 Å / SU ML: 0.1851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.1986 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|