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- PDB-4iis: Crystal structure of a glycosylated beta-1,3-glucanase (HEV B 2),... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iis
タイトルCrystal structure of a glycosylated beta-1,3-glucanase (HEV B 2), An allergen from Hevea Brasiliensis (Space group P41)
要素Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
キーワードHYDROLASE / Allergen / glycoprotein / glycoside hydrolase / GH17 family / pathogenesis-related class-2 protein / TIM-barrel / glycosidase / carbohydrate/sugar binding / piroglutamate (n-terminal residue) / latex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 17 signature. / Glycoside hydrolase family 17, plant / Glycoside hydrolase family 17 / Glycosyl hydrolases family 17 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / CITRATE ANION / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Hevea brasiliensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6676 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of the endogenous glycoallergen Hev b 2 (endo-beta-1,3-glucanase) from Hevea brasiliensis and its recognition by human basophils.
著者: Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A. / Fuentes-Silva, D. / Palomares, L.A. / Munoz-Cruz, S. / Yepez-Mulia, L. / Orozco-Martinez, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and identification of the glycosylated moieties of two isoforms of the main allergen Hev b 2 and preliminary X-ray analysis of two polymorphs of isoform II.
著者: Fuentes-Silva, D. / Mendoza-Hernandez, G. / Stojanoff, V. / Palomares, L.A. / Zenteno, E. / Torres-Larios, A. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年11月27日ID: 3F55
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
B: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
C: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
D: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,42810
ポリマ－141,2764
非ポリマー1,1526
水1,00956
1
A: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8344
ポリマ－35,3191
非ポリマー5153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3191
ポリマ－35,3191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7663
ポリマ－35,3191
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5082
ポリマ－35,3191
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.118, 150.118, 77.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-1,3-glucanase form 'RRII Gln 2'


分子量: 35319.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hevea brasiliensis (植物) / 株: GV-42 / 参照: UniProt: D1M8S7, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 61分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M trisodium citrate dihydrate, 0.1M sodium cacodylate, 30% (w/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.61→47.473 Å / Num. all: 52459 / Num. obs: 49364 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 58.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.61-2.763.60.6291.9193.9
2.76-2.923.60.4162.9195.7
2.92-3.123.60.2644.3193.8
3.12-3.383.60.1617194.8
3.38-3.73.60.09410.6194.4
3.7-4.133.60.0615.7194

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1238)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HPG

4hpg


解像度: 2.6676→47.471 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 2352 5.08 %
Rwork0.2015 --
obs0.2022 46257 93.52 %
all-52372 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6676→47.471 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9887 0 73 56 10016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63613922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5463740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6676-2.7220.41271610.34662599X-RAY DIFFRACTION90
2.722-2.78110.36121390.31832563X-RAY DIFFRACTION90
2.7811-2.84580.29041300.29842617X-RAY DIFFRACTION91
2.8458-2.91690.34811380.29382588X-RAY DIFFRACTION90
2.9169-2.99580.25441450.27482582X-RAY DIFFRACTION89
2.9958-3.08390.27871240.26352608X-RAY DIFFRACTION90
3.0839-3.18330.29751460.24812609X-RAY DIFFRACTION90
3.1833-3.2970.23621260.23082538X-RAY DIFFRACTION89
3.297-3.42890.25811380.2142601X-RAY DIFFRACTION89
3.4289-3.58480.24321410.21042583X-RAY DIFFRACTION89
3.5848-3.77350.21181390.18092561X-RAY DIFFRACTION89
3.7735-4.00960.191500.17822554X-RAY DIFFRACTION88
4.0096-4.31860.1841420.15722558X-RAY DIFFRACTION88
4.3186-4.75220.17721150.15232573X-RAY DIFFRACTION89
4.7522-5.43730.16411610.15892529X-RAY DIFFRACTION87
5.4373-6.84110.18231330.19282563X-RAY DIFFRACTION87
6.8411-33.76610.14851070.15282614X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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