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- PDB-3ohn: Crystal structure of the FimD translocation domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ohn
タイトルCrystal structure of the FimD translocation domain
要素Outer membrane usher protein FimD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / protein translocation / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


fimbrial usher porin activity / pilus assembly / membrane => GO:0016020 / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. / PapC-like, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane usher protein FimD / Outer membrane usher protein FimD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.011 Å
データ登録者Wang, T. / Li, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the FimD usher bound to its cognate FimC-FimH substrate.
著者: Phan, G. / Remaut, H. / Wang, T. / Allen, W.J. / Pirker, K.F. / Lebedev, A. / Henderson, N.S. / Geibel, S. / Volkan, E. / Yan, J. / Kunze, M.B. / Pinkner, J.S. / Ford, B. / Kay, C.W. / Li, H. ...著者: Phan, G. / Remaut, H. / Wang, T. / Allen, W.J. / Pirker, K.F. / Lebedev, A. / Henderson, N.S. / Geibel, S. / Volkan, E. / Yan, J. / Kunze, M.B. / Pinkner, J.S. / Ford, B. / Kay, C.W. / Li, H. / Hultgren, S.J. / Thanassi, D.G. / Waksman, G.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane usher protein FimD
B: Outer membrane usher protein FimD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0752
ポリマ－123,0752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Outer membrane usher protein FimD

B: Outer membrane usher protein FimD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0752
ポリマ－123,0752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
Buried area1630 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area45750 Å2
手法PISA
3
A: Outer membrane usher protein FimD

B: Outer membrane usher protein FimD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0752
ポリマ－123,0752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area45490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.022, 87.132, 95.883
Angle α, β, γ (deg.)63.92, 88.43, 76.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane usher protein FimD


分子量: 61537.316 Da / 分子数: 2 / 断片: TRANSLOCATION DOMAIN (unp residues 169-708) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimD / プラスミド: pNH297 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B tuner / 参照: UniProt: C8U0R5, UniProt: P30130*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM Trisodium citrate,pH4.8~6.5, 7% (w/v) PEG4000, 100mM sodium chloride, 50mM Magnesium, 20mM spermine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 27375 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERPHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2vqi

2vqi


解像度: 3.011→28.89 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.22 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: AUTHORS HAVE APPROVED THIS ENTRY WITH REPORTED R VALUE AS 0.23 WHILE CALCULATED R VALUE IS 0.31. THE DEPOSITED COORDINATES WERE FURTHER MODIFIED IN COOT AFTER FINAL ROUND OF PHENIX REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3053 1368 5 %random
Rwork0.2295 ---
obs0.2334 27375 98.04 %-
all-27410 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.835 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2886 Å24.2899 Å2-5.1891 Å2
2--18.7583 Å2-5.878 Å2
3----10.4697 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.011→28.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7246 0 0 0 7246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38710068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.112603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0113-3.11880.37841280.26992526X-RAY DIFFRACTION94
3.1188-3.24350.35841250.24272607X-RAY DIFFRACTION99
3.2435-3.39090.30011230.22692601X-RAY DIFFRACTION98
3.3909-3.56930.27851300.20832645X-RAY DIFFRACTION99
3.5693-3.79250.28031560.20212612X-RAY DIFFRACTION99
3.7925-4.08460.29411190.20792631X-RAY DIFFRACTION99
4.0846-4.49430.24641460.18972609X-RAY DIFFRACTION99
4.4943-5.14140.25891250.18782627X-RAY DIFFRACTION99
5.1414-6.46570.33071580.25752599X-RAY DIFFRACTION98
6.4657-28.89160.331580.26712550X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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