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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b0y | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / Transcription (転写 (生物学)) / co-transcriptional spliceosome assembly | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / U1 snRNP binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / SMN-Sm protein complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / : / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / organelle membrane / transcription-coupled nucleotide-excision repair / U5 snRNP / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / spliceosomal snRNP assembly / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA splicing / promoter-specific chromatin binding / P-body / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / spliceosomal complex / ribonucleoside binding / mRNA splicing, via spliceosome / 核小体 / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / single-stranded DNA binding / 染色体 / snRNP Assembly 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, S. / Aibara, S. / Vos, S.M. / Agafonov, D.E. / Luehrmann, R. / Cramer, P. | |||||||||||||||
資金援助 | 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex. 著者: Suyang Zhang / Shintaro Aibara / Seychelle M Vos / Dmitry E Agafonov / Reinhard Lührmann / Patrick Cramer / 要旨: To initiate cotranscriptional splicing, RNA polymerase II (Pol II) recruits the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle (U1 snRNP) to nascent precursor messenger RNA (pre-mRNA). Here, we report ...To initiate cotranscriptional splicing, RNA polymerase II (Pol II) recruits the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle (U1 snRNP) to nascent precursor messenger RNA (pre-mRNA). Here, we report the cryo-electron microscopy structure of a mammalian transcribing Pol II-U1 snRNP complex. The structure reveals that Pol II and U1 snRNP interact directly. This interaction positions the pre-mRNA 5' splice site near the RNA exit site of Pol II. Extension of pre-mRNA retains the 5' splice site, leading to the formation of a "growing intron loop." Loop formation may facilitate scanning of nascent pre-mRNA for the 3' splice site, functional pairing of distant intron ends, and prespliceosome assembly. Our results provide a starting point for a mechanistic analysis of cotranscriptional spliceosome assembly and the biogenesis of mRNA isoforms by alternative splicing. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b0y.cif.gz | 998.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b0y.ent.gz | 802.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b0y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b0y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 8種, 8分子 ACDEFGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P11414, ポリメラーゼ |
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#3: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 BLj
#2: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, ポリメラーゼ |
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#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
#24: タンパク質 | 分子量: 23686.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q66K91 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#13: DNA鎖 | 分子量: 14932.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 14672.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Pa
#14: RNA鎖 | 分子量: 46784.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#16: RNA鎖 | 分子量: 52697.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 bc
#17: タンパク質 | 分子量: 51683.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08621 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 31319.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09012 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 efghik
#19: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306 |
#21: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304 |
#22: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308 |
#23: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318 |
#25: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314 |
-非ポリマー , 2種, 9分子
#26: 化合物 | ChemComp-ZN / #27: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61596 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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