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- PDB-7a3o: Crystal structure of dengue 1 virus envelope glycoprotein in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3o
タイトルCrystal structure of dengue 1 virus envelope glycoprotein in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
要素
  • (Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 ...) x 2
  • Core proteinカプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / FLAVIVIRUS / CLASS 2 FUSION PROTEIN / DENGUE (デング熱) / Antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 ...: / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sharma, A. / Vaney, M.C. / Guardado-Calvo, P. / Duquerroy, S. / Rouvinski, A. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust フランス
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses.
著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado- ...著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey /
要旨: The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization.
著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_gen ...citation / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein
H: Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10
L: Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,42511
ポリマ－78,3893
非ポリマー1,0368
水724
1
A: Core protein
H: Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10
L: Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10
ヘテロ分子

A: Core protein
H: Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10
L: Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Envelope protein (Chain A) are present as homodimers on virion surface and this protein is a crystallographic dimer here. Chain H (antibody heavy chain fragment) forms a ...根拠: gel filtration, Envelope protein (Chain A) are present as homodimers on virion surface and this protein is a crystallographic dimer here. Chain H (antibody heavy chain fragment) forms a heterodimer with chain L (antibody light chain fragment).
  • 159 kDa, 6 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,85022
ポリマ－156,7796
非ポリマー2,07216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)135.555, 135.555, 160.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

SO4

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10


分子量: 15679.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Variable domain from the heavy chain of broadly neutralising antibody EDE1 C10
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 Single chain variable fragment (scFv) from antibody EDE1 C10


分子量: 15632.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Variable domain from the light chain of broadly neutralising antibody EDE1 C10
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Core protein / カプシド / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 47077.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Dengue virus serotype 1 envelope protein ectodomain
由来: (組換発現) Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9II02, フラビビリン, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 11分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 50 mM Tris pH 8.5, 25% PEG 3,350, 200 mM (NH4)2SO4, 1.2% myo-inositol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 21987 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 3110 / CC1/2: 0.512 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UT9

4ut9


解像度: 2.8→19.76 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 1097 5.03 %
Rwork0.2183 20720 -
obs0.2207 21817 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.08 Å2 / Biso mean: 105.4587 Å2 / Biso min: 55.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4711 0 60 4 4775
Biso mean--148.57 66.29 -
残基数----614
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.930.3641470.34342435258296
2.93-3.080.36081560.331825282684100
3.08-3.270.35871320.312925552687100
3.27-3.520.34461280.274125662694100
3.52-3.870.24941250.227726012726100
3.88-4.430.25771420.190225932735100
4.43-5.560.20511280.179426602788100
5.56-19.760.26231390.20142782292199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3952-5.428-5.47547.03137.49887.99-0.1749-1.2337-0.41051.89980.18250.98050.0415-0.3752-0.42360.83990.28830.06281.19150.15310.586130.649614.4461-7.1583
28.2723-5.0668-5.52633.18113.32223.56770.4645-1.6923-0.60890.8323-0.47351.35830.0019-2.12620.7990.78780.35860.28961.6832-0.01350.562827.137114.0175-7.0622
33.8174-4.98034.39466.4703-5.7225.0546-0.65631.11630.86131.2927-0.3335-1.7249-0.1796-1.19830.49941.33520.25430.25511.4079-0.39861.099223.721235.39577.4404
48.1099-5.6733-2.19144.35550.44322.44960.6781-0.1157-1.2185-0.9563-0.49140.5683-0.865-0.9096-0.32281.03470.4098-0.12541.18120.08860.643316.06221.5272-24.1147
52.7623-2.4698-2.29884.28752.3391.66460.15510.44390.0768-0.2724-0.3160.1347-1.2151-1.70460.20850.85990.51980.10851.54250.16230.571126.886618.5205-24.9192
68.7801-3.9582-6.83043.33415.40629.7630.64170.34660.12810.0344-0.22210.2137-0.4506-2.5390.05990.69580.23730.03891.50770.21540.68624.0399.6638-18.3248
79.1526-3.1184-5.72837.35472.17445.12260.16191.9976-0.8785-0.5978-0.5810.7919-0.6147-2.50850.10870.77830.4157-0.10051.5656-0.01460.707917.971413.1597-23.8782
87.36120.56952.34315.18710.67380.27440.3276-0.18670.2569-0.4363-0.1554-0.4675-0.4869-0.5563-0.05810.76750.36430.1971.13510.2220.500331.807716.2695-19.8499
92.76812.9952.94924.42254.12443.86-0.0995-0.0801-0.1543-0.84220.1691-0.5333-0.6913-0.0017-0.03350.82370.12210.29020.6220.15370.732440.0775-10.173-47.6751
106.02284.78791.6376.78380.28696.19480.39980.26990.651-0.59960.2265-0.7741-0.9828-0.5725-0.74550.76890.1580.42430.68910.20011.211855.46115.905-34.9984
113.99823.70983.44764.70414.15784.5583-0.1715-0.0537-0.5444-0.93770.3843-0.9602-0.85490.328-0.20661.13320.00550.31520.68150.12190.804337.1648-16.7725-51.9158
124.87125.17671.77686.19030.8751.84930.9034-0.78780.68330.7374-0.81010.41180.1269-0.0718-0.05670.8967-0.02260.39620.8487-0.10951.011254.71026.4486-34.0437
132.6965-1.0469-0.15625.2563-0.02115.7920.5694-0.88371.29860.7577-0.2169-1.1612-1.31340.6085-0.37960.949-0.22750.19330.8988-0.22771.405161.311920.0849-5.2995
147.83150.27582.59448.18044.98743.7838-0.7765-2.36870.374-0.1121-0.75472.623-1.77250.23461.25391.32470.16360.18011.74250.02050.744826.198522.42734.2915
155.20424.62526.54638.43292.4262.007-0.0314-1.97010.10510.1262-2.45410.7293-0.41720.24032.3251.23810.39360.19251.7232-0.11210.797432.307123.98725.7047
164.67112.0832-1.2747.22134.57788.4427-0.3964-1.204-1.22550.80470.0586-0.58610.1644-0.370.30540.56520.27280.10371.36690.3140.699436.10529.0071-4.7291
174.68245.97740.29647.80910.4240.0197-0.4927-0.28391.2364-0.43680.21571.7501-1.7737-1.08490.18941.00490.92650.02571.55920.00240.683227.197425.4725-7.0736
188.7298-4.60010.30354.7088-0.43082.7676-0.5656-0.85990.65640.24760.4089-0.3523-1.2688-0.55820.02171.2590.67610.1791.4291-0.03770.685832.442224.5773-10.3266
199.6178-0.06791.34766.46362.67918.5266-0.1807-1.9091.08090.12110.068-0.8727-0.3413-0.52080.11690.96530.2531-0.02020.9875-0.1680.649239.077822.8348-2.7711
207.40060.27342.8449.49210.43013.94030.7491-0.23241.0072-0.3817-0.28270.0743-0.6384-1.0867-0.1751.45870.57920.14561.3619-0.1020.677530.619330.72070.7329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 86 through 93 )L86 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 94 through 104 )L94 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 105 through 112 )L105 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 18 through 39 )H18 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 40 through 64 )H40 - 64
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 65 through 91 )H65 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 92 through 127 )H92 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 129 )A1 - 129
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 130 through 192 )A130 - 192
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 193 through 256 )A193 - 256
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 257 through 298 )A257 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 299 through 395 )A299 - 395
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 3 through 16 )L3 - 16
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 17 through 23 )L17 - 23
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 24 through 34 )L24 - 34
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 35 through 40 )L35 - 40
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 41 through 50 )L41 - 50
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 51 through 71 )L51 - 71
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 72 through 85 )L72 - 85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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