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- PDB-7a3s: Crystal structure of dengue 3 virus envelope glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3s
タイトルCrystal structure of dengue 3 virus envelope glycoprotein
要素Genome polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / FLAVIVIRUS / CLASS 2 FUSION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 3 Philippines/H87/1956 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sharma, A. / Vaney, M.C. / Guardado-Calvo, P. / Duquerroy, S. / Rouvinski, A. / Navarro-Sanchez, E. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust フランス
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses.
著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado- ...著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey /
要旨: The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization.
著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,69412
ポリマ－130,0793
非ポリマー1,6159
水2,036113
1
A: Genome polyprotein
ヘテロ分子

A: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7968
ポリマ－86,7192
非ポリマー1,0776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_435x-y-1,-y-2,-z+2/31
Buried area4100 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area37890 Å2
手法PISA
2
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7968
ポリマ－86,7192
非ポリマー1,0776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area37900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.030, 142.030, 159.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...
21(chain B and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...
31(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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311(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C1 - 26
321(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C28 - 51
331(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C53 - 85
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351(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C96
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391(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C1 - 610
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3131(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C1 - 610
3141(chain C and (resseq 1:26 or resseq 28:51 or resseq...C1 - 610

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 43359.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: SOLUBLE ECTODOMAIN
由来: (組換発現) Dengue virus 3 Philippines/H87/1956 (デング熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P27915, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (7.5), 1.5 M (NH4)2SO4, 280 mM NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50.2 Å / Num. obs: 46309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 64.99 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.98 / Num. unique obs: 4527 / CC1/2: 0.303

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UZG

1uzg


解像度: 2.8→19.925 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 2526 5.49 %
Rwork0.2331 43514 -
obs0.2353 46040 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 226.07 Å2 / Biso mean: 82.8077 Å2 / Biso min: 30.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8871 0 99 113 9083
Biso mean--122.14 56.3 -
残基数----1149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71612450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7445532
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5200X-RAY DIFFRACTION7.197TORSIONAL
12B5200X-RAY DIFFRACTION7.197TORSIONAL
13C5200X-RAY DIFFRACTION7.197TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.85380.41951470.3816239399
2.8538-2.91190.39341410.35482368100
2.9119-2.9750.36731410.34732374100
2.975-3.0440.38531190.34282431100
3.044-3.11980.36641290.31782395100
3.1198-3.20390.29751450.28712373100
3.2039-3.29770.29771290.29392421100
3.2977-3.40370.32411460.27912387100
3.4037-3.52470.32341310.26852414100
3.5247-3.6650.27271290.24212422100
3.665-3.83060.30341490.2372396100
3.8306-4.0310.28061460.2242417100
4.031-4.28130.25221380.20822412100
4.2813-4.6080.21611470.17992416100
4.608-5.06480.22881530.18142429100
5.0648-5.7820.22991380.19372447100
5.782-7.22650.24341550.21782463100
7.2265-19.9250.2421430.1927255699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.2780.48610.16747.85492.51330.38650.0065-0.08820.068-0.1941-0.17570.13760.0029-0.06240.12770.840.0259-0.0590.3514-0.04990.7004-19.1507-114.5441.9464
24.05810.313-0.22634.64773.42688.69180.39570.4162-0.4807-0.485-0.46410.4240.5333-0.62290.13520.62380.0563-0.01560.2616-0.00170.5684-19.7922-80.510346.9909
33.1114-0.47460.02559.09460.9551.98590.3073-0.1681-0.0657-0.2548-0.4838-0.3960.3220.06330.27870.98880.0417-0.10110.33650.07220.5576-17.801-119.02242.7364
43.7259-1.1807-1.35965.04270.08534.3304-0.0064-0.32080.1370.70660.17040.0946-0.39680.065-0.21210.52970.0042-0.08010.26840.01010.4911-17.9698-68.154266.1607
50.4752-0.2643-0.21147.28490.970.6603-0.0322-0.00290.11190.60390.0630.875-0.1843-0.06770.03750.50860.05010.08680.3587-0.0340.5824-24.8839-138.87519.9652
65.09040.97791.48659.76153.95726.3204-0.1860.05670.3807-0.03880.09920.1788-0.6948-0.04830.18890.54010.01330.12870.33440.02150.4747-22.8733-167.11518.5646
73.72260.18170.36316.75150.26463.22390.0210.36410.25770.44280.15210.1173-0.428-0.10870.04760.53790.040.06580.31870.10490.3959-24.0186-128.40910.2338
82.36040.76180.60795.65051.46672.75180.04780.3336-0.1786-0.95740.47860.1167-0.1510.1754-0.45260.5055-0.0746-0.05790.5078-0.07760.5373-23.158-181.0769-12.6003
90.39780.53950.08518.17540.5380.0349-0.03260.02950.222-0.92510.14910.51240.0093-0.1101-0.050.7109-0.0328-0.15750.53190.11990.8421-24.9499-112.9263-9.8998
106.4354-0.8888-0.72762.67812.23597.5042-0.47680.11730.3786-0.08460.32750.73410.5278-0.11970.42710.58450.0524-0.06510.5440.12151.0096-22.103-86.1958-10.3315
112.96152.07-0.02985.63181.31883.81410.08170.20380.0139-0.5373-0.20560.40970.052-0.30620.09540.59680.0532-0.09020.45360.13060.5609-24.1676-124.0597-10.3946
121.3061-1.8935-0.80475.31761.34683.71440.1791-0.13670.4340.75910.230.4712-0.2392-0.2198-0.28210.64580.05280.15050.483-0.04181.3531-23.6464-71.413612.2694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:130)A1 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 131:186)A131 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 187:271)A187 - 271
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 274:393)A274 - 393
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:149)B1 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 150:192)B150 - 192
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 193:270)B193 - 270
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 274:394)B274 - 394
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 1:152)C1 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 153:193)C153 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 194:270)C194 - 270
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 274:394)C274 - 394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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