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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zhp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic | ||||||
要素 | Outer membrane porin F | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / OmpF / porin (ポリン (タンパク質)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity ...colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity / lipid binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å | ||||||
データ登録者 | Sousa, C.F. / Morais-Cabral, J. / Gameiro, P. | ||||||
資金援助 | ポルトガル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 著者: Sousa, C.F. / Morais-Cabral, J. / Gameiro, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zhp.cif.gz | 87 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zhp.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39365.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / プラスミド: PRSF-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22 % PEG 2000, 0.25 M MgCl2, 0.1 M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980131 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.980131 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→47.46 Å / Num. obs: 34532 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 688820 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LSF 解像度: 2.053→47.46 Å / FOM work R set: 0.8672 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.82 Å2 / Biso mean: 36.93 Å2 / Biso min: 21.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.053→47.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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