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- PDB-6zhv: Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zhv
タイトルCrystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic
要素Outer membrane porin F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OmpF / porin
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.945 Å
データ登録者Sousa, C.F. / Morais-Cabral, J. / Gameiro, P.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT) ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic
著者: Sousa, C.F. / Morais-Cabral, J. / Gameiro, P.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Outer membrane porin F
A: Outer membrane porin F
C: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,28125
ポリマ－118,0953
非ポリマー2,18522
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11190 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area40720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.029, 112.005, 131.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane porin F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane ...Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 39365.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / プラスミド: pRSF-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-QLB / 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol / トリエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 262.386 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 50% PEG 200, 0.2 M MgCl2, 0.1 M NaCacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.945→45.68 Å / Num. obs: 83824 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 34.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-1.9811.71.6434884441620.6860.4861.7171.391.4
10.11-45.6810.80.04375086980.9990.0140.04540.599

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.11 Å45.68 Å
Translation5.11 Å45.68 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LSF

4lsf


解像度: 1.945→45.296 Å / FOM work R set: 0.8354 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 4172 4.98 %
Rwork0.1976 79533 -
obs0.1994 83705 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.43 Å2 / Biso mean: 29.66 Å2 / Biso min: 12.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.945→45.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7891 0 351 173 8415
Biso mean--53.72 27.37 -
残基数----1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15611051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3582936
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9454-1.96750.39531220.3089224986
1.9675-1.99070.31611190.26842637100
1.9907-2.01490.28291410.24412614100
2.0149-2.04040.25971440.22812629100
2.0404-2.06730.25661540.21782615100
2.0673-2.09560.26121490.22042626100
2.0956-2.12560.23331690.22042597100
2.1256-2.15730.31751180.21692677100
2.1573-2.1910.30031470.22312611100
2.191-2.22690.2971360.21672643100
2.2269-2.26530.25781460.20722638100
2.2653-2.30650.25841510.20332632100
2.3065-2.35090.23641390.19612624100
2.3509-2.39880.28061380.19422650100
2.3988-2.4510.26631450.18692628100
2.451-2.5080.22751350.18062659100
2.508-2.57070.20551340.18242671100
2.5707-2.64020.24211420.17512632100
2.6402-2.71790.18991260.17932685100
2.7179-2.80560.19541390.17682651100
2.8056-2.90590.2111070.18092686100
2.9059-3.02220.2321310.19722704100
3.0222-3.15970.26161320.18992675100
3.1597-3.32630.2611260.19222700100
3.3263-3.53460.2251710.19132647100
3.5346-3.80740.22291360.20382694100
3.8074-4.19030.23611430.19682690100
4.1903-4.7960.18041520.17762729100
4.796-6.04020.22881400.19952750100
6.0402-45.2960.22841400.22422890100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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