PDB-6zcm: Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_180

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zcm

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_180

要素

YTHDC1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) /

YTHDC1 / m6A /

complex /

inhibitor (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / dosage compensation by inactivation of X chromosome /

regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus /

mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Huang, D. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J Chem Theory Comput / 年: 2021
タイトル: Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1.
著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Wiedmer, L. / Sun, X. / Huang, D. / Caflisch, A.

履歴

登録	2020年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zcm.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zcm.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/6zcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/6zcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ynnC 6ynoC 6zcnC 6zd3C 6zd4C 6zd5C 6zd7C 6zd8C 6zd9C 6zdaC 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t0o-1 6yki-2 6szx-2 6zda-2 6ynn-1 6ym8-2 1juq-1 4oy8-d 6yl9-2 6yl0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTHDC1

B: YTHDC1

ヘテロ分子

43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.689, 103.594, 42.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.711, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTHDC1 / 分子量: 20967.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-QF2 / 6-[[cyclopropyl-[(7-methoxy-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]amino]methyl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione 分子量: 345.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→40.69 Å / Num. obs: 91479 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.44 % / B_iso Wilson estimate: 12.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.37
反射シェル	解像度: 1.24→1.32 Å / Num. unique obs: 14554 / CC_1/2: 0.561

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r3h

4r3h

解像度: 1.24→40.69 Å / SU ML: 0.1691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4833
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	4528	5 %
R_work	0.2163	86000	-
obs	0.2178	90528	97.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→40.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2556	0	95	494	3145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8233	3838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0773	411
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.1899	390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.25	0.4184	133	0.366	2536	X-RAY DIFFRACTION	88.11
1.25-1.27	0.3325	153	0.3258	2926	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.27-1.29	0.3362	145	0.3871	2732	X-RAY DIFFRACTION	92.78
1.29-1.3	0.5682	132	0.5293	2546	X-RAY DIFFRACTION	89.06
1.3-1.32	0.4575	131	0.4261	2424	X-RAY DIFFRACTION	81.27
1.32-1.34	0.3432	150	0.3018	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.34-1.36	0.3142	155	0.2909	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.36-1.38	0.2921	153	0.2768	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.38-1.4	0.2996	153	0.2684	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.4-1.42	0.2983	154	0.2704	2928	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.42-1.44	0.2602	154	0.2741	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.44-1.47	0.344	155	0.3036	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.47-1.5	0.297	154	0.271	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.5-1.53	0.2508	153	0.2261	2907	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.53-1.56	0.2228	154	0.2167	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.2283	153	0.2087	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.6-1.64	0.2525	154	0.206	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.2386	154	0.1943	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.2086	155	0.202	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.73-1.79	0.2005	154	0.2001	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.79-1.85	0.2461	153	0.2028	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.85-1.93	0.3939	148	0.3154	2806	X-RAY DIFFRACTION	96.57
1.93-2.02	0.3103	152	0.2362	2869	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.02-2.12	0.2189	152	0.1838	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.12-2.25	0.3286	152	0.244	2880	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.25-2.43	0.2689	150	0.2092	2853	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.43-2.67	0.2304	156	0.1898	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.67-3.06	0.2047	155	0.1884	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.06-3.85	0.1865	154	0.1628	2936	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.85-40.69	0.1722	157	0.1647	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.78

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)