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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z47 | ||||||||||||
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タイトル | Smooth muscle myosin shutdown state heads region | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / myosin / motor / inhibited state / shutdown state / smooth muscle | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myofibril assembly / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / stress fiber / platelet aggregation / actin filament binding ...myofibril assembly / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / stress fiber / platelet aggregation / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Scarff, C.A. / Carrington, G. / Casas Mao, D. / Chalovich, J.M. / Knight, P.J. / Ranson, N.A. / Peckham, M. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of the shutdown state of myosin-2. 著者: Charlotte A Scarff / Glenn Carrington / David Casas-Mao / Joseph M Chalovich / Peter J Knight / Neil A Ranson / Michelle Peckham / 要旨: Myosin-2 is essential for processes as diverse as cell division and muscle contraction. Dephosphorylation of its regulatory light chain promotes an inactive, 'shutdown' state with the filament- ...Myosin-2 is essential for processes as diverse as cell division and muscle contraction. Dephosphorylation of its regulatory light chain promotes an inactive, 'shutdown' state with the filament-forming tail folded onto the two heads, which prevents filament formation and inactivates the motors. The mechanism by which this happens is unclear. Here we report a cryo-electron microscopy structure of shutdown smooth muscle myosin with a resolution of 6 Å in the head region. A pseudo-atomic model, obtained by flexible fitting of crystal structures into the density and molecular dynamics simulations, describes interaction interfaces at the atomic level. The N-terminal extension of one regulatory light chain interacts with the tail, and the other with the partner head, revealing how the regulatory light chains stabilize the shutdown state in different ways and how their phosphorylation would allow myosin activation. Additional interactions between the three segments of the coiled coil, the motor domains and the light chains stabilize the shutdown molecule. The structure of the lever in each head is competent to generate force upon activation. This shutdown structure is relevant to all isoforms of myosin-2 and provides a framework for understanding their disease-causing mutations. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z47.cif.gz | 678.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z47.ent.gz | 500.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z47.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z47_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z47_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6z47_validation.xml.gz | 83.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z47_validation.cif.gz | 128.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z47 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Myosin light chain ... , 2種, 4分子 CDEF
#2: タンパク質 | 分子量: 16989.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) 参照: UniProt: Q6W5H0 #3: タンパク質 | 分子量: 19872.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) 参照: UniProt: G3URE9 |
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-抗体 , 1種, 4分子 ABGH
#1: 抗体 | 分子量: 229148.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) 組織: Gizzard / 参照: UniProt: G1N5L2 |
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-非ポリマー , 3種, 8分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Smooth muscle myosin in the shutdown state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Smooth muscle myosin from turkey gizzard, stored under liquid nitrogen, was thawed quickly. MgATP was added before dilution into the final buffer conditions stated below | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: GloCube / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: Blot force 6, blot time 3 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96351 / 対称性のタイプ: POINT |