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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yhu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the nsp7-nsp8 complex of SARS-CoV-2 | ||||||
要素 | (Replicase polyprotein 1a) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / nsp7 / nsp8 / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / nCoV-2019 (SARSコロナウイルス2) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins ...viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / : / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Konkolova, E. / Klima, M. / Boura, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural analysis of the putative SARS-CoV-2 primase complex. 著者: Konkolova, E. / Klima, M. / Nencka, R. / Boura, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yhu.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yhu.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yhu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/6yhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/6yhu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ahmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7843.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTC1, UniProt: P0DTD1*PLUS, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 3C様プロテアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 12974.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTC1, UniProt: P0DTD1*PLUS, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 3C様プロテアーゼ #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chlorid hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38.79 Å / Num. obs: 23341 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.5368440063 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07411 / Rrim(I) all: 0.08083 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.071 Å / Rmerge(I) obs: 0.5217 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 2237 / CC1/2: 0.902 / CC star: 0.974 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AHM 解像度: 2→38.7868214121 Å / SU ML: 0.241732030028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35286330121 / 位相誤差: 27.2062869845
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3228947382 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→38.7868214121 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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