PDB-6y2t: Streptavidin wildtype with a biotC4-1 cofactor - an artificial ir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y2t

タイトル

Streptavidin wildtype with a biotC4-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase

要素

Streptavidin

ストレプトアビジン

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Artificial Metalloenzyme / Iron Hydroxylase / Biotin-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, European Union,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	200020_182046	スイス
Swiss National Science Foundation	NCCR MSE	スイス
European Research Council (ERC)	694424	European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ALTF 194-2017	ドイツ
European Research Council (ERC)	H2020-MSCA-IF-2016	European Union

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Enantioselective Hydroxylation of Benzylic C(sp3)-H Bonds by an Artificial Iron Hydroxylase Based on the Biotin-Streptavidin Technology.
著者: Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

履歴

登録	2020年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y2t.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y2t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y25C 6y2mC 6y33C 6y34C 6y3qC 3pk2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i9h-1 6uiu-1 6udc-d 6esu-1 5b5f-d 2izc-1 5vl5-1 5vl8-1 3wzn-1 1swn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, native gel electrophoresis
72.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.714, 57.714, 184.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-327- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin / ストレプトアビジン分子量: 16569.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-O6T / biotC4-1 cofactor 分子量: 667.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₇FeN₇O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Acetate, pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.076 Å / Num. obs: 23212 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 1.704 / Num. unique obs: 1135 / CC_1/2: 0.793 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PK2

3pk2

解像度: 1.55→46.076 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	1161	5.009 %
R_work	0.1688	-	-
all	0.17	-	-
obs	-	23178	99.931 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.969 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	904	0	100	101	1105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.038	0.018	827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.165	1.801	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.514	1.572	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.367	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.226	22.727	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.954	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.562	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.023	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.38	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.291	2.305	500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.188	2.302	499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.248	3.448	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.254	3.452	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.308	2.725	563
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.305	2.729	564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.764	3.993	859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.761	3.999	860
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.558	28.754	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.531	28.454	1133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.228	84	0.228	1586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.634	0.231	83	0.212	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.634-1.681	0.215	79	0.189	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.733	0.239	77	0.203	1477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.733-1.79	0.215	76	0.165	1433	X-RAY DIFFRACTION	99.9338
1.79-1.852	0.163	73	0.151	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.852-1.922	0.169	70	0.162	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.5754
1.922-2.001	0.166	67	0.159	1283	X-RAY DIFFRACTION	99.926
2.001-2.09	0.228	66	0.165	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.192	0.197	63	0.154	1190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.31	0.175	60	0.156	1146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.205	56	0.15	1061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.619	0.157	54	0.145	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.829	0.192	50	0.162	947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.099	0.222	47	0.156	882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.464	0.193	42	0.167	802	X-RAY DIFFRACTION	99.8817
3.464-3.999	0.157	38	0.15	719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.999-4.895	0.169	33	0.136	623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.895-6.913	0.227	26	0.203	497	X-RAY DIFFRACTION	100
6.913-46.076	0.338	17	0.314	308	X-RAY DIFFRACTION	99.6933

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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