PDB-6y25: Streptavidin mutant S112R,K121E with a biotC4-1 cofactor - an art...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y25

タイトル

Streptavidin mutant S112R,K121E with a biotC4-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase

要素

Streptavidin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Artificial Metalloenzyme / Iron Hydroxylase / Biotin-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, European Union,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	200020_182046	スイス
Swiss National Science Foundation	NCCR MSE	スイス
European Research Council (ERC)	694424	European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ALTF 194-2017	ドイツ
European Research Council (ERC)	H2020-MSCA-IF-2016	European Union

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Enantioselective Hydroxylation of Benzylic C(sp3)-H Bonds by an Artificial Iron Hydroxylase Based on the Biotin-Streptavidin Technology.
著者: Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

履歴

登録	2020年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y25.cif.gz	60.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y25.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y2mC 6y2tC 6y33C 6y34C 6y3qC 3pk2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cse-1 6y34-1 4cpe-1 6y2m-1 6auh-1 6t32-1 4gjv-1 1mep-d 5wbb-1 6vjk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, gel filtration
69.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.146, 57.146, 182.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-316- HOH
2	1	AAA-343- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16639.082 Da / 分子数: 1 / 変異: S112R, K121E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-O6T / biotC4-1 cofactor 分子量: 667.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₇FeN₇O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Acetate, pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.683 Å / Num. obs: 11549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 561 / CC_1/2: 0.907

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3pk2

3pk2

解像度: 1.95→45.683 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.184 / Average fsc free: 0.9379 / Average fsc work: 0.9382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	576	5.022 %
R_work	0.1938	10893	-
all	0.194	-	-
obs	-	11469	99.419 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.405 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.405 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	909	0	44	66	1019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.039	0.018	799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.888	1.73	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.546	1.572	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.104	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.695	22.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.579	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.156	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.288	3.782	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.274	3.779	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.173	5.663	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.175	5.667	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.03	4.068	505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.056	4.052	456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.571	5.996	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.638	5.933	684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.211	44.378	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.198	43.134	1070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.261	51	0.267	781	X-RAY DIFFRACTION	99.1657
2.001-2.055	0.265	37	0.286	752	X-RAY DIFFRACTION	98.5019
2.055-2.115	0.331	47	0.287	732	X-RAY DIFFRACTION	98.9835
2.115-2.18	0.202	42	0.231	730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.251	0.206	21	0.261	709	X-RAY DIFFRACTION	98.916
2.251-2.33	0.232	41	0.235	673	X-RAY DIFFRACTION	99.1667
2.33-2.418	0.198	40	0.193	659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.517	0.227	33	0.193	644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.629	0.186	34	0.216	615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.757	0.197	35	0.196	580	X-RAY DIFFRACTION	99.6758
2.757-2.906	0.187	29	0.191	571	X-RAY DIFFRACTION	99.8336
2.906-3.082	0.2	21	0.162	535	X-RAY DIFFRACTION	99.8205
3.082-3.295	0.158	22	0.177	513	X-RAY DIFFRACTION	99.8134
3.295-3.558	0.21	33	0.185	468	X-RAY DIFFRACTION	99.6024
3.558-3.897	0.167	20	0.166	437	X-RAY DIFFRACTION	97.8587
3.897-4.356	0.218	18	0.161	402	X-RAY DIFFRACTION	99.0566
4.356-5.028	0.154	20	0.151	361	X-RAY DIFFRACTION	100
5.028-6.154	0.219	14	0.174	314	X-RAY DIFFRACTION	100
6.154-8.683	0.093	11	0.202	254	X-RAY DIFFRACTION	100
8.683-45.683	0.321	7	0.254	163	X-RAY DIFFRACTION	99.4152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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