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- PDB-6xt7: Tel25 Hybrid Four-quartet G-quadruplex with K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xt7
タイトルTel25 Hybrid Four-quartet G-quadruplex with K+
要素DNA (25-MER)
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / G-quadruplex (グアニン四重鎖) / Hybrid / Four-quartets / lateral loops / propeller loop
機能・相同性: / スペルミン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Yatsunyk, L.A. / McCarthy, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA208676-01A1 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The first crystal structures of hybrid and parallel four-tetrad intramolecular G-quadruplexes.
著者: Beseiso, D. / Chen, E.V. / McCarthy, S.E. / Martin, K.N. / Gallagher, E.P. / Miao, J. / Yatsunyk, L.A.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Water spines and networks in G-quadruplex structures.
著者: Li, K. / Yatsunyk, L. / Neidle, S.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02021年4月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conn
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_refine_tls.L[1][1] ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version
解説: Model completeness
詳細: The structure of G-quadruplex was not modified. One of the two spermine molecules has been shifted by one atom to create a more appropriate (and better fitting) hydrogen bond network with ...詳細: The structure of G-quadruplex was not modified. One of the two spermine molecules has been shifted by one atom to create a more appropriate (and better fitting) hydrogen bond network with nearby nucleotides and waters. The coordination sphere of one Mg atom was completed with the sixth water ligand (previously only five oxygen atoms were coordinated). Finally, 92 water molecules have been added into clear densities bringing the total water count to 379.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (25-MER)
B: DNA (25-MER)
C: DNA (25-MER)
D: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,96024
ポリマ－31,9404
非ポリマー1,02020
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Determined purity and homogeneity of the samples. The sample exists as a monomer, but on the gel three bands were obvious and the crystallized samples clearly ...根拠: native gel electrophoresis, Determined purity and homogeneity of the samples. The sample exists as a monomer, but on the gel three bands were obvious and the crystallized samples clearly represents only one of those bands. We have also conducted circular dichroism spectroscopy to obtain conformation information - parallel vs anti-parallel - as well as CD thermal melting studies to obtain stability information.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.998, 92.916, 50.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.621, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: DNA鎖
DNA (25-MER)


分子量: 7985.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: Residues 1007 to 1010 on chain B are split into alternate conformations.
由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
解説: Long rods with a line down the middle. Somewhat opaque.
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 39% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.165 M potassium chloride, 0.02 M magnesium chloride, 0.04 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.012 M spermine tetrahydrochloride
PH範囲: 6.5-7.2 / Temp details: Crystals grown at room temperature.

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→93.06 Å / Num. obs: 37569 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.56-1.656.30.787253510.385196.1
4.94-93.066.50.05944.312490.0250.06699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JRN

1jrn


解像度: 1.56→49.38 Å / SU ML: 0.1486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1825 1996 5.32 %Random selection
Rwork0.1536 35517 --
obs0.1552 37513 97.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2124 46 379 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36033882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0655412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.881049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.60.32841300.32022309X-RAY DIFFRACTION89.41
1.6-1.640.32841390.2652475X-RAY DIFFRACTION95.44
1.64-1.690.25131420.23812518X-RAY DIFFRACTION96.03
1.69-1.740.22641430.22052526X-RAY DIFFRACTION96.25
1.74-1.80.27261400.21842488X-RAY DIFFRACTION96.8
1.8-1.880.23341450.19162570X-RAY DIFFRACTION97.45
1.88-1.960.20861410.19212524X-RAY DIFFRACTION97.91
1.96-2.070.24851430.18892548X-RAY DIFFRACTION97.75
2.07-2.190.21051440.18712557X-RAY DIFFRACTION98.33
2.19-2.360.23711430.18652576X-RAY DIFFRACTION98.34
2.36-2.60.22671460.18212583X-RAY DIFFRACTION98.81
2.6-2.980.22261470.17822624X-RAY DIFFRACTION98.82
2.98-3.750.14721440.12612577X-RAY DIFFRACTION98.84
3.75-49.380.12891490.11142642X-RAY DIFFRACTION99.39
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.58246456259 Å / Origin y: -27.3649458929 Å / Origin z: -10.9788063564 Å
111213212223313233
T0.379801285228 Å2-0.0042538176447 Å2-0.0626242470628 Å2-0.172025751446 Å2-0.0147347132192 Å2--0.295310059325 Å2
L0.453038825109 °2-0.134002577761 °2-0.157093106679 °2-2.55595028574 °2-0.648765281821 °2--0.505450098075 °2
S-0.0108713098377 Å °0.0415270943039 Å °-0.0157411521495 Å °-0.0157438050123 Å °0.0307619183475 Å °0.0978131951635 Å °-0.0636744421607 Å °0.0482215745817 Å °-0.0235004856202 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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