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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xrv | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the monoclinic crystal form at 1.43 A resolution of lipase from Thermomyces (Humicola) lanuginosa at 173 K | ||||||
要素 | Lipaseリパーゼ | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / substrate complex / diacylglycerol (ジアシルグリセロール) / covalent intermediate / interfacial activation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermomyces lanuginosus (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Current Enzyme Inhibition / 年: 2020 タイトル: The crystal Structures of Thermomyces (Humicola) lanuginosa lipase in complex with enzymatic reactants 著者: McPherson, A. / Larson, S.B. / Kalasky, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xrv.cif.gz | 980 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xrv.ent.gz | 833 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xrv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 31836.459 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 遺伝子: LIP / 発現宿主: Aspergillus aculeatinus (カビ) 参照: UniProt: O59952, トリアシルグリセロールリパーゼ #3: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 1645分子
#2: 化合物 | ChemComp-OCA / #4: 化合物 | ChemComp-LTV / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: cube like blocks |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals grown by sitting drop with 0.6 ul reservoirs of 20% PEG 3350 in 0.1 M MES buffer at pH 6.5. Drops of 8 ul composed of equal amounts of the protein at 30.0 mg/ml in water with the ...詳細: Crystals grown by sitting drop with 0.6 ul reservoirs of 20% PEG 3350 in 0.1 M MES buffer at pH 6.5. Drops of 8 ul composed of equal amounts of the protein at 30.0 mg/ml in water with the reservoir solution. Room temperature throughout, crystals grew in about a month PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→77 Å / Num. obs: 307462 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 5.69 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 15076 / CC1/2: 0.26 / Rpim(I) all: 1.66 / Rrim(I) all: 6.1 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TIB 解像度: 1.43→77 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: Refined to convergence in REFMAC then subjected to further rebuilding in COOT and an additional 15 runs in REFINE from PHENIX. Anisotropic B values, no TLS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.3 Å2 / Biso mean: 29.7343 Å2 / Biso min: 8.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.43→77 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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