[日本語] English
万見
- PDB-6xfu: PmtCD peptide exporter basket domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfu
タイトルPmtCD peptide exporter basket domain
要素ABC transporter ATP-binding protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter / ABC exporter / Peptide transort
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / ABC transporter, ATP-binding protein, putative / ABC transporter ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Strynadka, N.C.J. / Alexander, J.A.N.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)Operating grant カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the ATP-driven exporter of virulent peptide toxins.
著者: N Zeytuni / S W Dickey / J Hu / H T Chou / L J Worrall / J A N Alexander / M L Carlson / M Nosella / F Duong / Z Yu / M Otto / N C J Strynadka /
要旨: is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs ... is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs are amphipathic, membrane-destructive cytolytic peptides that are exported to the host-cell environment by a designated adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, the PSM transporter (PmtABCD). Here, we demonstrate that the minimal Pmt unit necessary for PSM export is PmtCD and provide its first atomic characterization by single-particle cryo-EM and x-ray crystallography. We have captured the transporter in the ATP-bound state at near atomic resolution, revealing a type II ABC exporter fold, with an additional cytosolic domain. Comparison to a lower-resolution nucleotide-free map displaying an "open" conformation and putative hydrophobic inner chamber of a size able to accommodate the binding of two PSM peptides provides mechanistic insight and sets the foundation for therapeutic design.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATP-binding protein
B: ABC transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4494
ポリマ－16,3322
非ポリマー1162
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.462, 45.375, 73.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-458-

HOH

21A-479-

HOH

31B-425-

HOH

41B-473-

HOH

51B-487-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter / ATP-binding protein / Antibiotic ABC transporter ATP-binding protein / Antibiotic ...ABC transporter / ATP-binding protein / Antibiotic ABC transporter ATP-binding protein / Antibiotic transport system ATP-binding protein / Phenol-soluble modulin export ABC transporter ATP-binding protein PmtC


分子量: 8166.194 Da / 分子数: 2 / 断片: basket domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ybhF_2, pmtC, ybhF_1, ybhF_3, BN1321_320024, BTN44_02050, C7P97_04805, CSC83_02360, CSC87_13000, EP54_10395, EQ90_13985, ER624_12880, ERS072840_01916, HMPREF3211_02244, NCTC10654_02103, ...遺伝子: ybhF_2, pmtC, ybhF_1, ybhF_3, BN1321_320024, BTN44_02050, C7P97_04805, CSC83_02360, CSC87_13000, EP54_10395, EQ90_13985, ER624_12880, ERS072840_01916, HMPREF3211_02244, NCTC10654_02103, NCTC13131_01274, NCTC7878_02640, NCTC7988_02070, RK64_10625
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EJW5, UniProt: Q2FWW9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M sodium thiocyanate and 20% Poly Ethylene Glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.37 Å / Num. obs: 27091 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 314139 / Scaling rejects: 37
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.4260.653688911520.7590.2870.7172.185.4
7.67-45.37100.06921262130.9980.0220.07327.799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U2D

6u2d


解像度: 1.4→40.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.2086 / WRfactor Rwork: 0.1699 / FOM work R set: 0.8736 / SU B: 0.992 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0598 / SU Rfree: 0.0639 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 1378 5.1 %RANDOM
Rwork0.1609 ---
obs0.1625 25672 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.13 Å2 / Biso mean: 18.273 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å2-0 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→40.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1140 0 6 168 1314
Biso mean--20.64 31.07 -
残基数----139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.6431655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5211.592623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2015153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35224.47867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06315235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.161154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02235
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 82 -
Rwork0.226 1615 -
all-1697 -
obs--85.79 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る