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- PDB-6wuu: Crystal structure of the SARS CoV-2 Papain-like protease in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wuu
タイトルCrystal structure of the SARS CoV-2 Papain-like protease in complex with peptide inhibitor VIR250
要素
  • Non-structural protein 3
  • VIR250
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / CORONAVIRUS (オルトコロナウイルス亜科) / SARS (重症急性呼吸器症候群) / COV-2 / PAPAIN-LIKE PROTEASE (パパイン様プロテアーゼ) / PLpro / deubiquitinating enzyme (脱ユビキチン化酵素) / ubiquitin (ユビキチン) / activity-based probe / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / : / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, N-terminal domain / Jelly Rolls - #1680 / Papain-like viral protease, thumb domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin-like (UB roll) / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : ...Papain-like viral protease, N-terminal domain / Jelly Rolls - #1680 / Papain-like viral protease, thumb domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin-like (UB roll) / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Lipocalin signature. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Papain-like protease peptide inhibitor VIR250 / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Lv, Z. / Olsen, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115568-05 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Activity profiling and crystal structures of inhibitor-bound SARS-CoV-2 papain-like protease: A framework for anti-COVID-19 drug design.
著者: Rut, W. / Lv, Z. / Zmudzinski, M. / Patchett, S. / Nayak, D. / Snipas, S.J. / El Oualid, F. / Huang, T.T. / Bekes, M. / Drag, M. / Olsen, S.K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Activity profiling and structures of inhibitor-bound SARS-CoV-2-PLpro protease provides a framework for anti-COVID-19 drug design.
著者: Rut, W. / Lv, Z. / Zmudzinski, M. / Patchett, S. / Nayak, D. / Snipas, S.J. / El Oualid, F. / Huang, T.T. / Bekes, M. / Drag, M. / Olsen, S.K.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32021年1月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
D: Non-structural protein 3
G: VIR250
H: VIR250
I: VIR250
J: VIR250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,89016
ポリマ－150,5318
非ポリマー3598
水32418
1
A: Non-structural protein 3
G: VIR250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6983
ポリマ－37,6332
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 3
H: VIR250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7224
ポリマ－37,6332
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
3
C: Non-structural protein 3
I: VIR250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7224
ポリマ－37,6332
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
4
D: Non-structural protein 3
J: VIR250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7475
ポリマ－37,6332
非ポリマー1143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.425, 189.693, 63.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 501)
21(chain B and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))
31(chain C and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))
41(chain D and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 1 through 501)A1 - 501
211(chain B and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))B1 - 316
221(chain B and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))B401 - 501
311(chain C and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))C1 - 316
321(chain C and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))C401 - 501
411(chain D and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))D1 - 316
421(chain D and (resid 1 through 316 or resid 401 through 501))D401 - 501

-
要素

#1: タンパク質
Non-structural protein 3 / pp1ab / ORF1ab polyprotein / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like protease / Papain-like proteinase / PL-PRO


分子量: 37128.145 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 1563-1879 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTD1, EC: 3.4.19.121, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド
VIR250


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 酵素阻害剤酵素阻害剤 / 分子量: 504.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Papain-like protease peptide inhibitor VIR250
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Peptide covalently linked to active site Cys
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→94.85 Å / Num. obs: 33589 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 237255
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.79-2.936.51.7882885244310.4370.7531.9441.199.1
9.25-94.8570.05866819530.9960.0230.06333.599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W9C

6w9c


解像度: 2.79→94.85 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1992 5.95 %
Rwork0.1952 31489 -
obs0.1973 33481 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.66 Å2 / Biso mean: 80.9149 Å2 / Biso min: 39.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→94.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10122 0 152 18 10292
Biso mean--80.03 78.76 -
残基数----1274
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6127X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
12B6127X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
13C6127X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
14D6127X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.79-2.860.33321290.32209233898
2.86-2.940.33941500.29932200235098
2.94-3.020.36451450.302322272372100
3.02-3.120.34231380.294322802418100
3.12-3.230.34051350.27122592394100
3.23-3.360.3081630.259822342397100
3.36-3.520.28581310.241722692400100
3.52-3.70.28071460.221622642410100
3.7-3.930.2681390.201622542393100
3.93-4.240.22611470.1812220236799
4.24-4.660.18451380.146122622400100
4.66-5.340.17131440.14822752419100
5.34-6.720.21261370.185922652402100
6.72-94.850.16421500.15862271242199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0740.7623-0.39392.11661.1991-1.578-0.13640.20810.25490.16390.2460.18940.1818-0.065700.66270.0135-0.06410.6280.14590.449233.88696.4855.8221
20.12670.00210.42460.9617-0.17280.3373-0.08140.0353-0.37710.20820.0540.1069-0.30270.0547-00.7163-0.0499-0.00050.61330.01690.595636.487179.7692.7157
3-0.4135-0.971-0.15481.57440.25011.44830.03720.1369-0.0326-0.0616-0.11120.15330.06790.122400.42130.0183-0.03970.4899-0.01630.576738.760857.4777-9.2645
4-0.4119-1.49420.31791.3398-0.62240.43710.23610.2094-0.18910.33270.04220.0612-0.0398-0.074500.57670.02170.04460.53110.02790.627634.697161.30488.0518
50.64690.1217-0.10421.5218-0.02070.2679-0.27610.08030.4327-0.08620.11970.21290.031-0.25100.4324-0.0434-0.00330.50310.06680.475557.46378.0007-7.1631
60.0513-1.2325-0.87581.14281.0891.14030.06010.05150.111-0.0059-0.03610.04580.34040.0323-00.60220.0002-0.04460.40460.04880.40157.292731.23425.2611
70.45110.67160.20910.32970.86930.7278-0.1562-0.15090.10320.1111-0.05390.04460.0210.196-00.4778-0.0135-0.02460.5945-0.12080.494262.385546.385131.9179
80.1848-0.01530.69090.44750.27770.8377-0.05390.00540.1709-0.02120.0642-0.0719-0.05750.0349-00.54520.0054-0.0060.50910.0240.598857.322451.010214.04
91.03-0.0876-0.4350.0881-0.59680.22080.01130.0255-0.3223-0.1462-0.1995-0.0189-0.14270.056400.45970.1012-0.02340.5427-0.08160.57953.144384.7443-30.7822
100.91510.39380.00581.5542-1.07250.72640.02030.0396-0.1434-0.08490.03130.2241-0.12170.1969-00.5191-0.012-0.00830.4541-0.05820.515530.430876.9435-22.1187
110.7768-0.56861.2035-0.12840.15241.4204-0.0589-0.1051-0.0985-0.01660.31340.0006-0.1977-0.53700.60090.14790.12790.53390.1980.698510.776978.2374-1.865
120.5701-0.4563-0.3080.0926-0.39011.53220.00060.1214-0.1876-0.01020.10780.33660.1661-0.0552-00.49380.0219-0.06320.55710.07860.902911.365468.3419-18.7406
130.5215-1.3487-0.1981.16241.37470.21130.45-0.18330.2911-0.28130.0601-0.20670.15880.087500.4157-0.01510.0720.528-0.03160.495475.175910.905832.4781
141.9749-0.5197-0.7921.11290.61280.7682-0.1732-0.1571-0.11380.00070.11090.09170.13230.214100.48210.02860.01090.5890.02070.421253.176523.153232.2408
150.57470.55670.66480.08530.04391.19150.15570.2509-0.25630.0389-0.040.0755-0.1129-0.411800.51850.0307-0.02190.7813-0.12140.512134.216129.342312.5216
160.9892-0.44850.2385-0.25720.12231.17360.0670.11910.0080.18480.0410.04970.0567-0.244100.4218-0.06550.07310.6507-0.0020.517135.296429.975531.2419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 120 )A3 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 121 through 175 )A121 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 253 )A176 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 254 through 316 )A254 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 62 )B3 - 62
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 181 )B63 - 181
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 182 through 238 )B182 - 238
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 239 through 319 )B239 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 61 )C3 - 61
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 62 through 174 )C62 - 174
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 175 through 253 )C175 - 253
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 254 through 313 )C254 - 313
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 3 through 77 )D3 - 77
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 78 through 175 )D78 - 175
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 176 through 253 )D176 - 253
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 254 through 315 )D254 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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