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万見
- PDB-6wdt: Enterovirus D68 in complex with human monoclonal antibody EV68-228 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wdt
タイトルEnterovirus D68 in complex with human monoclonal antibody EV68-228
要素
  • (viral protein ...ウイルスタンパク質) x 4
  • EV68-228 heavy chain
  • EV68-228 light chain
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / virus (ウイルス) / enterovirus (エンテロウイルス) / antibody (抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / peptidase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fu, J. / Vogt, M.R. / Klose, T. / Crowe, J.E. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI104317 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI011219 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL070831 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2020
タイトル: Human antibodies neutralize enterovirus D68 and protect against infection and paralytic disease.
著者: Matthew R Vogt / Jianing Fu / Nurgun Kose / Lauren E Williamson / Robin Bombardi / Ian Setliff / Ivelin S Georgiev / Thomas Klose / Michael G Rossmann / Yury A Bochkov / James E Gern / ...著者: Matthew R Vogt / Jianing Fu / Nurgun Kose / Lauren E Williamson / Robin Bombardi / Ian Setliff / Ivelin S Georgiev / Thomas Klose / Michael G Rossmann / Yury A Bochkov / James E Gern / Richard J Kuhn / James E Crowe /
要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) causes outbreaks of respiratory illness, and there is increasing evidence that it causes outbreaks of acute flaccid myelitis (AFM). There are no licensed therapies to prevent ...Enterovirus D68 (EV-D68) causes outbreaks of respiratory illness, and there is increasing evidence that it causes outbreaks of acute flaccid myelitis (AFM). There are no licensed therapies to prevent or treat EV-D68 infection or AFM disease. We isolated a panel of EV-D68-reactive human monoclonal antibodies that recognize diverse antigenic variants from participants with prior infection. One potently neutralizing cross-reactive antibody, EV68-228, protected mice from respiratory and neurologic disease when given either before or after infection. Cryo-electron microscopy studies revealed that EV68-228 and another potently neutralizing antibody (EV68-159) bound around the fivefold or threefold axes of symmetry on virion particles, respectively. The structures suggest diverse mechanisms of action by these antibodies. The high potency and effectiveness observed in vivo suggest that antibodies are a mechanistic correlate of protection against AFM disease and are candidates for clinical use in humans with EV-D68 infection.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21648
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21648
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
H: EV68-228 heavy chain
L: EV68-228 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3296
ポリマ－120,3296
非ポリマー00
水0
1
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
H: EV68-228 heavy chain
L: EV68-228 light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,219,767360
ポリマ－7,219,767360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
H: EV68-228 heavy chain
L: EV68-228 light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 602 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)601,64730
ポリマ－601,64730
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: viral protein 1
B: viral protein 2
C: viral protein 3
D: viral protein 4
H: EV68-228 heavy chain
L: EV68-228 light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 722 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)721,97736
ポリマ－721,97736
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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Viral protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 viral protein 1 / ウイルス性 / VP1


分子量: 32920.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 565-861 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): muscle / 参照: UniProt: A0A097BW12
#2: タンパク質 viral protein 2 / ウイルス性 / VP2


分子量: 27567.135 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-317 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): muscle / 参照: UniProt: A0A0A7X639, UniProt: A0A097BW12*PLUS
#3: タンパク質 viral protein 3 / ウイルス性 / VP3


分子量: 27112.814 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 318-564 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): muscle / 参照: UniProt: A0A097BW12
#4: タンパク質 viral protein 4 / ウイルス性 / VP4


分子量: 7336.960 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): muscle / 参照: UniProt: A0A126D252, UniProt: J9Z449*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#5: 抗体 EV68-228 heavy chain


分子量: 14037.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#6: 抗体 EV68-228 light chain


分子量: 11354.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Enterovirus D68 in complex with human monoclonal antibody EV68-228Enterovirus 68COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Enterovirus D68Enterovirus 68VIRUS#1-#41RECOMBINANT
3human monoclonal antibody EV68-228COMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Enterovirus D68 (エンテロウイルス)42789US/MO/14-18047
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Homo sapiens (ヒト)9606RD
23Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029CHO
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 44.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 462
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1FindEM粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9jspr初期オイラー角割当
10jspr最終オイラー角割当
11RELION分類
12J3DR３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 27390
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20194 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4WM8

4wm8

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048180
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59811139
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.9714824
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451249
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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