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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vje | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa penicillin-binding protein 3 (PBP3) complexed with ceftobiprole | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Antibiotic target / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | van den Akker, F. / Kumar, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into Ceftobiprole Inhibition of Pseudomonas aeruginosa Penicillin-Binding Protein 3. 著者: Kumar, V. / Tang, C. / Bethel, C.R. / Papp-Wallace, K.M. / Wyatt, J. / Desarbre, E. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vje.cif.gz | 120.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vje.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vje | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3pbqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_ ...遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_24935, IPC170_23205, IPC669_10550, RW109_RW109_05757 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q51504, UniProt: G3XD46*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-RB6 / ( | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.195 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→39.61 Å / Num. obs: 51816 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.984 / Num. unique obs: 2811 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PBQ 解像度: 1.76→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.306 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.131 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 195.22 Å2 / Biso mean: 45 Å2 / Biso min: 17.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→39.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.804 Å / Rfactor Rfree error: 0
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