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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v4j | |||||||||
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タイトル | Structure of TrkH-TrkA in complex with ATP | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Ion channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / potassium ion binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / nucleotide binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, M. / Zhang, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: TrkA undergoes a tetramer-to-dimer conversion to open TrkH which enables changes in membrane potential. 著者: Hanzhi Zhang / Yaping Pan / Liya Hu / M Ashley Hudson / Katrina S Hofstetter / Zhichun Xu / Mingqiang Rong / Zhao Wang / B V Venkataram Prasad / Steve W Lockless / Wah Chiu / Ming Zhou / 要旨: TrkH is a bacterial ion channel implicated in K uptake and pH regulation. TrkH assembles with its regulatory protein, TrkA, which closes the channel when bound to ADP and opens it when bound to ATP. ...TrkH is a bacterial ion channel implicated in K uptake and pH regulation. TrkH assembles with its regulatory protein, TrkA, which closes the channel when bound to ADP and opens it when bound to ATP. However, it is unknown how nucleotides control the gating of TrkH through TrkA. Here we report the structures of the TrkH-TrkA complex in the presence of ADP or ATP. TrkA forms a tetrameric ring when bound to ADP and constrains TrkH to a closed conformation. The TrkA ring splits into two TrkA dimers in the presence of ATP and releases the constraints on TrkH, resulting in an open channel conformation. Functional studies show that both the tetramer-to-dimer conversion of TrkA and the loss of constraints on TrkH are required for channel gating. In addition, deletion of TrkA in Escherichia coli depolarizes the cell, suggesting that the TrkH-TrkA complex couples changes in intracellular nucleotides to membrane potential. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v4j.cif.gz | 578.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v4j.ent.gz | 486.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v4j_validation.pdf.gz | 988.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v4j_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v4j_validation.xml.gz | 77.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v4j_validation.cif.gz | 115 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53104.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: trkH, VP0032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87TN7 #2: タンパク質 | 分子量: 50193.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP3045 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87KD2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TrkH-TrkA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72317 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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