PDB-4e4g: Crystal structure of putative Methylmalonate-semialdehyde dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e4g

タイトル

Crystal structure of putative Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021

要素

Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating) / methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating, NAD) activity / thymine catabolic process / L-valine catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2012年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Structure summary
改定 1.2	2012年8月29日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e4g.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e4g.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iym-3 4iym-4 4iym-1 4zz7-3 3k2w-1 5fhz-1 1o9j-d 4zz7-2 2w8q-2 1o04-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-011934

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

B: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

C: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

D: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

E: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

F: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

G: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

H: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

458 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

B: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

C: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

D: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

F: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

G: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

H: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.442, 171.285, 159.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-526- HOH

#1: タンパク質	Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 57243.699 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: iolA, mmsA, R00726, SMc00781 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL 参照: UniProt: Q92RW4, methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M MES:NaOH, pH 6.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 100867 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Χ²: 0.968 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.9-2.95	5	0.608	5050	0.779	1	99.2
2.95-3	5	0.534	5041	0.765	1	99.3
3-3.06	5.1	0.452	5028	0.764	1	99.1
3.06-3.12	5	0.376	5034	0.787	1	99.3
3.12-3.19	5.1	0.341	5051	0.798	1	99.4
3.19-3.27	5.1	0.294	5087	0.813	1	99.2
3.27-3.35	5.2	0.254	5011	0.842	1	99.4
3.35-3.44	5.2	0.201	5062	0.848	1	99.4
3.44-3.54	5.3	0.174	5036	0.92	1	99.3
3.54-3.65	5.3	0.155	5076	0.959	1	99.4
3.65-3.78	5.5	0.142	5041	1.056	1	99.2
3.78-3.94	5.4	0.132	5049	1.057	1	99.3
3.94-4.11	5.5	0.117	5076	1.134	1	99.1
4.11-4.33	5.5	0.111	5028	1.104	1	99.1
4.33-4.6	5.5	0.094	5036	1.114	1	98.9
4.6-4.96	5.4	0.09	5032	1.144	1	98.5
4.96-5.46	5.4	0.096	5011	1.048	1	98.2
5.46-6.24	5.7	0.103	5047	1.101	1	98.5
6.24-7.86	5.7	0.091	5030	1.095	1	98
7.86-50	5.5	0.066	5041	1.115	1	96.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.55 Å	48.84 Å
Translation	2.55 Å	48.84 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T90

1t90

解像度: 2.9→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / WR_factor R_free: 0.2481 / WR_factor R_work: 0.1734 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7925 / SU B: 40.56 / SU ML: 0.357 / SU R Cruickshank DPI: 0.3494 / SU R_free: 0.4552 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2692	4795	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.192	95962	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.39 Å² / B_iso mean: 43.1438 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0.19 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29313	0	0	340	29653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	29935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.975	40571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.688	5	3880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.461	23.978	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.709	15	4442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.273	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	22944

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	312	-
R_work	0.276	6563	-
all	-	6875	-
obs	-	-	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4877	-0.3262	-0.1802	1.1745	0.1973	0.3014	-0.0438	0.0452	-0.0503	-0.1901	0.0699	-0.2096	0.1663	0.0441	-0.0261	0.1946	0.0083	0.0645	0.0342	-0.0495	0.1118	-48.2066	-10.9155	-6.7644
2	0.4965	-0.2029	-0.0376	0.9634	-0.1632	0.4847	0.0033	0.0163	0.2036	-0.2282	0.1205	-0.3219	-0.0202	0.0943	-0.1238	0.1196	-0.0453	0.1175	0.0522	-0.0662	0.2441	-43.5732	26.6671	-5.5797
3	1.1073	-0.6038	0.1162	0.7809	0.2512	0.5832	-0.0913	-0.144	-0.0961	0.1044	0.0885	0.1096	0.1309	-0.0711	0.0028	0.056	-0.0024	0.0223	0.031	0.0221	0.0362	-81.2446	6.0386	18.4181
4	0.8866	-0.2828	0.2005	0.9559	0.0153	0.7869	-0.1382	-0.3522	0.1375	0.3391	0.2168	-0.2709	0.0908	0.1807	-0.0786	0.1445	0.1289	-0.1074	0.2654	-0.1316	0.1108	-48.4542	12.3179	36.4948
5	0.6	-0.0179	0.2283	0.7205	0.2056	0.721	0.0492	0.4784	-0.1107	-0.0185	0.0587	-0.1728	0.2455	0.4107	-0.108	0.1399	0.168	-0.0371	0.5626	-0.1411	0.0808	-94.0296	8.3126	59.9833
6	0.3458	-0.0736	0.1804	0.8841	-0.2615	0.9446	-0.0484	0.3728	0.1992	-0.1837	0.0279	-0.0843	-0.0636	0.5265	0.0205	0.0889	-0.1233	-0.0085	0.5841	0.1811	0.1821	-87.6786	45.6474	60.0349
7	1.7525	-0.4611	1.1077	0.5866	-0.1141	1.1863	0.0258	-0.0386	0.0307	0.0907	-0.0388	0.1043	0.1548	-0.145	0.013	0.088	-0.0363	0.0441	0.0308	-0.0012	0.0569	-126.5795	27.4339	84.6501
8	1.318	-0.1675	0.737	0.4801	-0.1312	1.022	-0.0476	0.0216	0.2389	0.1638	-0.0205	-0.1021	0.0111	0.2215	0.0681	0.1185	0.0065	-0.0196	0.0757	-0.016	0.0722	-93.3114	32.5094	102.6968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 486
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 485
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-1 - 484
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 486
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 485
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 484
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-2 - 482
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 485

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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