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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uot | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the PrgHK periplasmic ring from the Salmonella SPI-1 type III secretion needle complex solved at 3.3 angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / BACTERIAL NANOMACHINE / TYPE III SECRETION SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Butan, C. / Galan, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: High-resolution view of the type III secretion export apparatus in situ reveals membrane remodeling and a secretion pathway. 著者: Carmen Butan / Maria Lara-Tejero / Wenwei Li / Jun Liu / Jorge E Galán / 要旨: Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into ...Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into a holostructure or injectisome. The core component of the injectisome is the needle complex, which houses the export apparatus that serves as a gate for the passage of the secreted proteins through the bacterial inner membrane. Here, we describe a high-resolution structure of the export apparatus of the type III secretion system in association with the needle complex and the underlying bacterial membrane, both in isolation and in situ. We show the precise location of the core export apparatus components within the injectisome and bacterial envelope and demonstrate that their deployment results in major membrane remodeling and thinning, which may be central for the protein translocation process. We also show that InvA, a critical export apparatus component, forms a multiring cytoplasmic conduit that provides a pathway for the type III secretion substrates to reach the entrance of the export gate. Combined with structure-guided mutagenesis, our studies provide major insight into potential mechanisms of protein translocation and injectisome assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uot.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uot.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uot_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uot_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6uot_validation.xml.gz | 211.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uot_validation.cif.gz | 278.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/6uot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/6uot | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44509.367 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P41783 #2: タンパク質 | 分子量: 28245.287 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P41786 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of the periplasmic domains of PrgH and PrgK from the Salmonella SPI-1 type III secretion needle complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C24 (24回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23433 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.39 Å2 / Biso mean: 46.29 Å2 / Biso min: 25.37 Å2 |