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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uds
タイトルCrystal structure of a putative 3-oxoacyl-ACP reductase (FabG) from Acinetobacter baumannii
要素3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase3-オキソアシル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FabG / SDR / reductase (還元酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
3-オキソアシル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Forwood, J.K. / Cross, E.M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Insights into Acinetobacter baumannii fatty acid synthesis 3-oxoacyl-ACP reductases.
著者: Cross, E.M. / Adams, F.G. / Waters, J.K. / Aragao, D. / Eijkelkamp, B.A. / Forwood, J.K.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7412
ポリマ－57,7412
非ポリマー00
水5,873326
1
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4824
ポリマ－115,4824
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12390 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.389, 87.389, 151.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-422-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGSERSER(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA5 - 9929 - 123
12ASPASPMETMET(chain 'A' and ((resid 5 and (name N or name...AA102 - 243126 - 267
23ARGARGSERSER(chain 'B' and (resid 5 through 100 or resid 102...BB5 - 9929 - 123
24ASPASPMETMET(chain 'B' and (resid 5 through 100 or resid 102...BB102 - 243126 - 267

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase / 3-オキソアシル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ / 3-oxoacyl-ACP reductase / 3-oxoacyl-ACP reductase FabG / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase ...3-oxoacyl-ACP reductase / 3-oxoacyl-ACP reductase FabG / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / Beta-ketoacyl-ACP reductase


分子量: 28870.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: fabG_9, fabG, fabG_10, fabG_11, fabG_12, fabG_2, fabG_3, fabG_5, fabG_7, fabG_8, A7M79_02495, A7M90_13795, A7N09_01015, AB719_00430, ABUW_3108, B4R90_07750, B9X91_07565, B9X95_05710, BGC29_ ...遺伝子: fabG_9, fabG, fabG_10, fabG_11, fabG_12, fabG_2, fabG_3, fabG_5, fabG_7, fabG_8, A7M79_02495, A7M90_13795, A7N09_01015, AB719_00430, ABUW_3108, B4R90_07750, B9X91_07565, B9X95_05710, BGC29_09155, BWP00_12180, C2U32_18365, C3415_14660, CBE85_08910, CBI29_00841, CEJ63_15165, CHQ89_11440, CPI82_11015, CSB70_0489, CYQ93_20585, CYQ93_22950, D3X57_12365, DCD77_08675, DGS69_00745, DOL94_00645, DVA79_16530, DWA21_01645, E2535_15965, E4664_12920, E5D09_05595, EA682_12370, EA685_06995, EGM95_16765, EHF38_14445, EJB02_04655, EKS29_20225, EWO92_12305, EWO96_16390, EWP49_14850, FDF20_02980, LV38_02926, NCTC13305_01645, NT90_07375, SAMEA104305229_02428, SAMEA104305242_00720, SAMEA104305268_02089, SAMEA104305283_02395, SAMEA104305292_02313, SAMEA104305318_02347, SAMEA104305320_01823, SAMEA104305325_02271, SAMEA104305337_03003, SAMEA104305351_01934
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V5VHN7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.13 Å / Num. obs: 46833 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.128 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3036 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.288 / Rrim(I) all: 1.166

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.14_3260モデル構築
PHENIX1.14_3260精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4WJZ

4wjz


解像度: 1.9→29.13 Å / SU ML: 0.1957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9984
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 2453 5.25 %
Rwork0.188 --
obs0.189 46741 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3538 0 0 326 3864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79044865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0485579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.67942548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.36411200.30072358X-RAY DIFFRACTION97.71
1.94-1.980.2911330.26222392X-RAY DIFFRACTION98.48
1.98-2.020.25361150.22432439X-RAY DIFFRACTION99.34
2.02-2.070.24191270.21972407X-RAY DIFFRACTION99.92
2.07-2.120.23451180.2052434X-RAY DIFFRACTION99.73
2.12-2.170.19411310.2022426X-RAY DIFFRACTION99.84
2.17-2.240.25331180.21282479X-RAY DIFFRACTION99.81
2.24-2.310.22531470.20772415X-RAY DIFFRACTION99.81
2.31-2.390.21991440.19442443X-RAY DIFFRACTION99.92
2.39-2.490.22581230.19832450X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.60.21781220.19672468X-RAY DIFFRACTION99.92
2.6-2.740.20241390.20332475X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.910.21691530.21092453X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.140.24881480.2022448X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.450.20361490.18712486X-RAY DIFFRACTION99.92
3.45-3.950.19741690.16442476X-RAY DIFFRACTION99.92
3.95-4.970.16491490.14352540X-RAY DIFFRACTION99.96
4.97-28.60.18241480.18672699X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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