[日本語] English
万見
- PDB-6tz3: Crystal Structure of Human Synaptotagmin 1 C2B without Ca2+ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tz3
タイトルCrystal Structure of Human Synaptotagmin 1 C2B without Ca2+
要素Synaptotagmin-1
キーワードEXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / C2 domain (C2ドメイン) / C2B / Greek Key
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / calcium ion sensor activity / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / spontaneous neurotransmitter secretion / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / dense core granule / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / vesicle docking / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / neurotransmitter secretion / regulation of exocytosis / positive regulation of dendrite extension / neuron projection terminus / calcium-dependent phospholipid binding / Neurexins and neuroligins / syntaxin-1 binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / syntaxin binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of dopamine secretion / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cellular response to calcium ion / SNARE binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / synaptic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / シナプス小胞 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / Clathrin-mediated endocytosis / chemical synaptic transmission / 細胞分化 / calmodulin binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2ドメイン / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Dominguez, M.J. / Karmakar, S. / Meyer, A.G. / Sutton, R.B.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Synaptotagmin-1-Associated Neurodevelopmental Disorder.
著者: Bradberry, M.M. / Courtney, N.A. / Dominguez, M.J. / Lofquist, S.M. / Knox, A.T. / Sutton, R.B. / Chapman, E.R.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1684
ポリマ－17,8801
非ポリマー2883
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.594, 54.594, 103.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

-
要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 17879.818 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B domain, residues 272-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: orginally cloned from human brain cDNA library / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: brain脳 / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / プラスミド: p202 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21579
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % / Mosaicity: 0.337 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.097 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→50 Å / Num. obs: 59591 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.17-1.194.60.29930100.9410.1510.3370.95699.4
1.19-1.214.70.24830100.9560.1240.2780.91499.2
1.21-1.244.80.22330010.9650.1110.250.91999.2
1.24-1.264.80.20429590.9680.1010.2280.92398.6
1.26-1.294.70.18129850.9730.090.2030.97998.8
1.29-1.324.80.16329860.9780.0810.1831.00298.5
1.32-1.354.70.14430050.9830.0720.1620.99398.5
1.35-1.394.70.12629410.9870.0630.1410.97698.6
1.39-1.434.80.11330100.9890.0560.1271.03898.7
1.43-1.474.70.09230330.9910.0460.1041.04298.8
1.47-1.534.70.07930120.9930.040.0890.96999
1.53-1.594.70.06930090.9940.0340.0770.99199.4
1.59-1.664.70.06530600.9950.0330.0731.00399.8
1.66-1.754.70.06730440.9940.0340.0751.18799.7
1.75-1.864.60.06630560.9930.0340.0741.42799.6
1.86-24.50.06130670.9940.0320.0691.46899.7
2-2.24.30.04730660.9960.0250.0531.10698.9
2.2-2.524.70.03330470.9980.0170.0370.65398.6
2.52-3.185.20.02630910.9990.0130.030.46397.6
3.18-504.30.02121990.9990.0110.0240.3366.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.53 Å26.4 Å
Translation4.53 Å26.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO精密化
PHENIX1.16_3549精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UOW

1uow


解像度: 1.17→26.4 Å / SU ML: 0.0767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.914
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 1992 3.37 %Random selection
Rwork0.1554 57053 --
obs0.1561 59045 96.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→26.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1183 0 15 179 1377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01271269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24531721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3766196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5498484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.17-1.20.17211290.14613703X-RAY DIFFRACTION88.79
1.2-1.230.17571410.13114051X-RAY DIFFRACTION97.38
1.23-1.270.15791440.12414144X-RAY DIFFRACTION98.57
1.27-1.310.14751410.12384093X-RAY DIFFRACTION98.67
1.31-1.360.17191430.12754135X-RAY DIFFRACTION98.55
1.36-1.410.14561470.11934122X-RAY DIFFRACTION98.5
1.41-1.470.16031460.11484169X-RAY DIFFRACTION98.79
1.47-1.550.12781510.11164145X-RAY DIFFRACTION99.24
1.55-1.650.1281440.1144196X-RAY DIFFRACTION99.52
1.65-1.780.18741450.12324201X-RAY DIFFRACTION99.63
1.78-1.960.14251500.1294237X-RAY DIFFRACTION99.75
1.96-2.240.14421450.13694197X-RAY DIFFRACTION98.91
2.24-2.820.18421480.16424274X-RAY DIFFRACTION98.99
2.82-26.40.22411180.21353386X-RAY DIFFRACTION75.35

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る