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万見
- PDB-6ty9: In situ structure of BmCPV RNA dependent RNA polymerase at initia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ty9
タイトルIn situ structure of BmCPV RNA dependent RNA polymerase at initiation state
要素
  • Non-template RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*GP*UP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA-dependent RNA PolymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
  • Template RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*CP*U)-3')
  • Transcript
  • Viral structural protein 4
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / TRANSFERASE/RNA / RdRp-RNA complex / Initiation / Unwinding / Cap-binding / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA依存性RNAポリメラーゼ / Viral structural protein 4
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cui, Y.X. / Zhang, Y.N. / Sun, J.C. / Zhou, Z.H.
資金援助 中国, 米国, 8件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31672489 中国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Conservative transcription in three steps visualized in a double-stranded RNA virus.
著者: Yanxiang Cui / Yinong Zhang / Kang Zhou / Jingchen Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV) ...Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV). Because of the lack of in situ structures of the intermediate stages of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) during transcription, it is poorly understood how RdRp detects environmental cues and internal transcriptional states to initiate and coordinate repeated cycles of transcript production inside the capsid. Here, we captured five high-resolution (2.8-3.5 Å) RdRp-RNA in situ structures-representing quiescent, initiation, early elongation, elongation and abortive states-under seven experimental conditions of CPV. We observed the 'Y'-form initial RNA fork in the initiation state and the complete transcription bubble in the elongation state. These structures reveal that de novo RNA transcription involves three major conformational changes during state transitions. Our results support an ouroboros model for endogenous conservative transcription in dsRNA viruses.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20582
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20582
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA Polymerase
B: Viral structural protein 4
M: Transcript
N: Non-template RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*GP*UP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
T: Template RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,9918
ポリマ－215,9185
非ポリマー733
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA Polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ


分子量: 139007.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q993A4
#2: タンパク質 Viral structural protein 4


分子量: 63683.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9IR43

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RNA鎖 , 3種, 3分子 MNT

#3: RNA鎖 Transcript


分子量: 789.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
#4: RNA鎖 Non-template RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*GP*UP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6320.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
#5: RNA鎖 Template RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*CP*U)-3')


分子量: 6116.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)

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非ポリマー , 1種, 3分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Bombyx mori
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 302003 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00614964
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5520456
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.118843
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422314
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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