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Yorodumi- PDB-6cip: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cip | |||||||||
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Title | Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica with acetyl-TPP bound | |||||||||
Components | PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASEPyruvate synthase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / pyruvate:ferredoxin oxidoreductase / thiamine pyrophosphate / coenzyme A / gated electron transfer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Moorella thermoacetica (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.189 Å | |||||||||
Authors | Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Binding site for coenzyme A revealed in the structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase fromMoorella thermoacetica. Authors: Chen, P.Y. / Aman, H. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cip.cif.gz | 2.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cip.ent.gz | 2.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cip.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cip | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6cinSC 6cioC 6ciqC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 127423.125 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (bacteria) Strain: ATCC 39073 / JCM 9320 / Gene: Moth_0064 / Production host: Moorella thermoacetica (bacteria) References: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor |
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-Non-polymers , 5 types, 64 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | ChemComp-HTL / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15-16% (w/v) PEG 4000, 0.21 M (NH4)2SO4 and 0.10 M MES pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.189→100 Å / Num. obs: 132748 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3.2 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 3.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.19→3.26 Å / Num. unique obs: 5773 / Rsym value: 0.58 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6CIN Resolution: 3.189→97.448 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.189→97.448 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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