PDB-6cip: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cip

タイトル

Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica with acetyl-TPP bound

要素

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / pyruvate:ferredoxin oxidoreductase / thiamine pyrophosphate / coenzyme A / gated electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.189 Å

データ登録者

Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM069857	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM39451	米国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Binding site for coenzyme A revealed in the structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase fromMoorella thermoacetica.
著者: Chen, P.Y. / Aman, H. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2018年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.4	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cip.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cip.ent.gz	2.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cip	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cinSC 6cioC 6ciqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cin-1 6cin-2 6cio-3 6cio-1 6cio-2 6ciq-1 6ciq-2 6ty9-d 2c3m-d 2c3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

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「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (4)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
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ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (2)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (5)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

D: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

E: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

F: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

774 kDa, 6 ポリマー
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1

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
258 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

D: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 2 ポリマー
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3

E: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

F: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	342.005, 108.263, 240.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE 分子量: 127423.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主: Moorella thermoacetica (バクテリア) 参照: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

#1: タンパク質

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

分子量: 127423.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主:

Moorella thermoacetica (バクテリア)
参照: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

-
非ポリマー , 5種, 64分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-HTL / 2-ACETYL-THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-ACETYL-3-[(4-AMINO-2-METHYL-5-PYRIMIDINYL)METHYL]-4-METHYL-5-(4,6,6-TRIHYDROXY-3,5-DIOXA-4,6-DIPHOSPHAHEX-1-YL)THIAZO LIUM INNER SALT P,P'-DIOXIDE / AcThDP 分子量: 467.351 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₄O₈P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15-16% (w/v) PEG 4000, 0.21 M (NH4)2SO4 and 0.10 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.189→100 Å / Num. obs: 132748 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 3.3
反射シェル	解像度: 3.19→3.26 Å / Num. unique obs: 5773 / R_sym value: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CIN

6cin

解像度: 3.189→97.448 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	6633	5 %
R_work	0.1874	-	-
obs	0.1892	132694	95.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.189→97.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	52606	0	359	27	52992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	54188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.55	73838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.014	19321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	8228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	9554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1885-3.2247	0.3875	127	0.3636	2468	X-RAY DIFFRACTION	57
3.2247-3.2627	0.3354	194	0.3367	3809	X-RAY DIFFRACTION	86
3.2627-3.3025	0.3838	214	0.3207	3844	X-RAY DIFFRACTION	89
3.3025-3.3443	0.3366	206	0.3005	3879	X-RAY DIFFRACTION	89
3.3443-3.3883	0.2938	211	0.2814	4203	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3883-3.4347	0.2902	218	0.2719	4264	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4347-3.4838	0.3327	237	0.2676	4313	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4838-3.5358	0.2963	226	0.2543	4307	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5358-3.591	0.2839	237	0.2438	4338	X-RAY DIFFRACTION	99
3.591-3.6499	0.2635	211	0.2381	4323	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6499-3.7128	0.2851	229	0.2394	4359	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7128-3.7804	0.2748	229	0.2282	4231	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7804-3.8531	0.266	234	0.2196	4341	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8531-3.9317	0.2624	222	0.2157	4268	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9317-4.0172	0.2379	228	0.1987	4273	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0172-4.1107	0.2232	208	0.1936	4188	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1107-4.2135	0.234	236	0.1788	4317	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2135-4.3274	0.2001	231	0.1739	4397	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3274-4.4547	0.2076	233	0.1637	4348	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4547-4.5985	0.195	214	0.1595	4330	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5985-4.7629	0.1979	230	0.1551	4348	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7629-4.9535	0.173	231	0.1513	4338	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9535-5.179	0.1869	226	0.1582	4322	X-RAY DIFFRACTION	98
5.179-5.452	0.2201	229	0.164	4222	X-RAY DIFFRACTION	96
5.452-5.7936	0.1982	232	0.1625	4363	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7936-6.2408	0.2049	228	0.1662	4362	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2408-6.8687	0.2085	227	0.1582	4407	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8687-7.8622	0.1812	236	0.1511	4362	X-RAY DIFFRACTION	98
7.8622-9.9041	0.1494	230	0.1298	4397	X-RAY DIFFRACTION	98
9.9041-97.4934	0.2195	219	0.1735	4140	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4727	-0.0417	-0.0725	0.849	0.0443	0.971	-0.1243	-0.1743	0.1784	0.0244	-0.0563	0.0235	0.0445	-0.066	0.1999	0.6375	0.0376	0.0155	0.9655	-0.0014	0.6608	-34.7508	-68.0336	61.5552
2	2.7043	-0.2589	0.0047	1.015	0.0208	0.5445	-0.1031	0.1947	0.2684	-0.0358	-0.0475	-0.1247	0.0395	0.0182	0.1518	0.6005	-0.0129	0.0183	0.8812	0.0329	0.6355	-5.0189	-67.7638	52.5403
3	2.5426	-0.2906	-0.4321	1.1677	0.2952	1.7101	-0.132	0.133	-0.1597	-0.2255	0.0895	-0.0429	0.0816	-0.2004	0.0577	0.583	-0.0534	0.0103	0.7747	-0.0084	0.5271	-80.3605	-77.2684	70.867
4	1.8187	-0.2145	-0.0896	1.3151	-0.1925	1.44	-0.1155	0.4313	-0.3998	-0.2677	0.1286	0.3865	0.2665	-0.9188	-0.0196	0.6738	-0.2603	-0.0693	1.3907	-0.0398	0.7298	-110.5854	-84.6165	70.9195
5	2.098	0.2527	-0.2456	1.2233	-0.1277	1.8742	-0.1124	-0.4613	-0.1546	0.1982	0.1085	0.0774	0.1119	0.1638	0.0041	0.6637	0.1147	0.043	0.5298	0.0252	0.5332	-130.5412	-23.0068	42.2257
6	1.582	-0.0559	0.0019	1.0018	0.3738	1.9279	-0.1692	-0.5182	-0.325	0.3006	0.3316	-0.3956	0.2559	1.0591	-0.1415	0.6584	0.2805	-0.0941	1.1498	0.0043	0.6865	-100.5322	-30.869	41.2411
7	2.0467	0.581	0.4372	2.0403	-0.6034	2.1531	-0.0509	0.4226	0.5196	-0.2385	0.0926	0.1318	-0.0138	-0.4019	-0.0485	0.6031	0.0473	-0.0406	1.1112	0.1385	0.6002	-61.4663	-58.9166	38.5493
8	1.5213	0.0994	0.4015	1.3639	0.5215	1.9492	0.1293	-0.7443	0.5143	0.1122	-0.1664	-0.0801	0.0403	0.4833	0.0028	0.5509	-0.0788	0.0227	1.3966	-0.175	0.7304	22.1524	-60.6833	75.7663
9	1.6492	-0.0759	0.2384	2.3174	-0.5104	1.8609	-0.0931	-0.2086	-0.8474	-0.2677	-0.2389	-0.1967	0.5791	0.417	0.2857	0.9039	0.1026	0.2672	0.7366	0.089	1.1343	-54.4803	-102.8202	70.9917
10	2.1897	-0.2514	0.1935	1.299	0.6168	2.5646	0.1008	-0.0041	0.0172	0.0625	0.0511	0.4604	-0.3366	-1.5557	-0.1837	0.7243	0.2456	0.0373	2.0314	0.1822	0.9504	-135.2096	-62.8818	86.5276
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15	1.5079	-0.3102	-0.0205	1.5418	0.585	1.0316	-0.1825	-0.3979	-0.6359	0.0907	0.0239	0.0027	0.787	-0.1747	0.1288	1.0445	-0.1305	0.1279	0.946	0.2846	1.0105	-86.1115	-112.6203	94.9363
16	2.0131	-0.1934	-0.3079	1.3105	0.3805	1.3274	-0.1049	-1.0669	0.1669	0.1524	0.1116	0.0537	0.0252	-0.3719	-0.0249	0.5375	0.1626	-0.0668	1.6069	-0.0634	0.5627	-100.9223	-65.5868	108.3627
17	1.0821	0.467	0.2913	1.4838	-0.2811	1.082	-0.047	0.2595	-0.4599	-0.0927	0.0177	0.1205	0.5582	0.272	-0.1685	1.0491	0.2103	0.1009	0.337	-0.1163	1.0393	-126.1749	-56.4402	15.4564
18	2.0569	-0.2523	-0.3052	2.0191	-0.253	1.7071	0.0448	0.2897	0.1598	-0.3241	0.0307	-0.2703	-0.2721	0.7706	-0.0594	0.6107	-0.1218	0.0393	0.7956	-0.0259	0.4713	-110.1665	-9.3501	5.2456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and resi 2:414
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and resi 2:414
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and resi 2:414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and resi 2:414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and resi 2:414
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and resi 2:414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and resi 415:631
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and resi 415:631
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and resi 415:631
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and resi 415:631
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and resi 415:631
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and resi 415:631
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and resi 632:1170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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