PDB-6tr9: Crystal structure of human L ferritin (HuLf) triple variant E60A-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tr9

タイトル

Crystal structure of human L ferritin (HuLf) triple variant E60A-E61A-E64A

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / human L ferritin /

HuLf / E60A-E61A-E64A

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / intracellular sequestering of iron ion /

ferric iron binding /

ferrous iron binding / Iron uptake and transport / azurophil granule lumen / iron ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Turano, P. / Mangani, S.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Iron Biomineral Growth from the Initial Nucleation Seed in L-Ferritin.
著者: Ciambellotti, S. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Turano, P.

履歴

登録	2019年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tr9.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tr9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6tr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6tr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6trzC 6ts0C 6ts1C 6tsaC 6tsfC 6tsjC 6tssC 6tsxC 5lg8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w0o-1 6ke2-1 3af7-1 6hjt-1 4mku-1 7a6b-d 2v2p-1 4p18-d 4z3b-1 5lg8-1 3wvv-1 1ies-1 4zjk-1 6h6t-2 1rcc-1 7a6a-d 5jkl-1 5jkk-1 7k3w-d 2v2i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin light chain

ヘテロ分子

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
496 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.215, 151.215, 151.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-201- CD
2	1	AAA-204- CD
3	1	AAA-376- HOH
4	1	AAA-406- HOH

#1: タンパク質	Ferritin light chain / / Ferritin L subunit 分子量: 19874.572 Da / 分子数: 1 / 変異: E60A,E61A,E64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTL / プラスミド: pET-21c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pLysS / 参照: UniProt: P02792
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 80 mM cadmium nitrate, 80 mM ammonium sulfate, 200 mM sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→75.61 Å / Num. obs: 11055 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.2 % / B_iso Wilson estimate: 50.2 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 2.46→2.59 Å / 冗長度: 21.6 % / R_merge(I) obs: 1.044 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1562 / CC_1/2: 0.929 / R_pim(I) all: 0.233 / R_rim(I) all: 1.09 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LG8

5lg8

解像度: 2.46→61.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.246

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	581	5.318 %
R_work	0.2005	-	-
all	0.204	-	-
obs	-	10926	98.869 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.624 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→61.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1364	0	7	109	1480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.751	1.638	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.465	1.577	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.271	22.222	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.807	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.051	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.188	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.245	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.224	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.35	5.013	689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.339	5.008	688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.148	7.487	860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.152	7.494	861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.834	5.345	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.83	5.35	709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.237	7.826	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.234	7.831	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.876	58.381	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.819	58.076	1590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.524	0.373	45	0.284	753	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.524-2.593	0.364	34	0.279	714	X-RAY DIFFRACTION	98.9418
2.593-2.668	0.347	46	0.263	719	X-RAY DIFFRACTION	99.2218
2.668-2.75	0.471	23	0.266	702	X-RAY DIFFRACTION	98.7738
2.75-2.841	0.329	26	0.247	689	X-RAY DIFFRACTION	98.7569
2.841-2.94	0.273	37	0.242	635	X-RAY DIFFRACTION	98.6784
2.94-3.051	0.289	39	0.234	617	X-RAY DIFFRACTION	98.7952
3.051-3.175	0.325	34	0.237	603	X-RAY DIFFRACTION	98.151
3.175-3.317	0.274	38	0.212	568	X-RAY DIFFRACTION	98.0583
3.317-3.478	0.248	31	0.184	556	X-RAY DIFFRACTION	98.1605
3.478-3.666	0.229	24	0.185	537	X-RAY DIFFRACTION	97.7352
3.666-3.888	0.239	39	0.176	498	X-RAY DIFFRACTION	98.895
3.888-4.156	0.244	30	0.173	464	X-RAY DIFFRACTION	97.6285
4.156-4.489	0.366	22	0.159	451	X-RAY DIFFRACTION	98.954
4.489-4.916	0.167	22	0.138	433	X-RAY DIFFRACTION	100
4.916-5.495	0.265	20	0.157	379	X-RAY DIFFRACTION	99.5012
5.495-6.343	0.214	25	0.195	339	X-RAY DIFFRACTION	100
6.343-7.761	0.271	16	0.213	299	X-RAY DIFFRACTION	100
7.761-10.947	0.188	24	0.155	235	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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