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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6to5 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the oligomerisation domain of the transcription factor PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1 from Arabidopsis. | |||||||||
要素 | Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1 | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / phosphate starvation / myb domain / coiled-coil domain (コイルドコイル) / inositol pyrophosphate / plant nutrition | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to arsenite ion / sulfate ion homeostasis / cellular response to high light intensity / cellular response to phosphate starvation / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / 概日リズム / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Hothorn, M. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Inositol pyrophosphates promote the interaction of SPX domains with the coiled-coil motif of PHR transcription factors to regulate plant phosphate homeostasis. 著者: Ried, M.K. / Wild, R. / Zhu, J. / Pipercevic, J. / Sturm, K. / Broger, L. / Harmel, R.K. / Abriata, L.A. / Hothorn, L.A. / Fiedler, D. / Hiller, S. / Hothorn, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6to5.cif.gz | 44 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6to5.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6to5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6to5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6to5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6to9C 6tocC 5iitS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.3570698 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.5281/zenodo.3570698 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9315.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PHR1, At4g28610, T5F17.60 / プラスミド: pMH-HT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q94CL7 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 0.2 M NaCl, 20% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→47.18 Å / Num. obs: 16576 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 48.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 2262 / CC1/2: 0.69 / Rrim(I) all: 2.21 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IIT 解像度: 2.38→47.17 Å / SU ML: 0.2965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0838
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→47.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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