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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sqn | ||||||
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タイトル | Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant co-crystallized with RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1A / RNA hairpin / co-crystallization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Rosenbach, H. / Span, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Expanding crystallization tools for nucleic acid complexes using U1A protein variants. 著者: Rosenbach, H. / Victor, J. / Borggrafe, J. / Biehl, R. / Steger, G. / Etzkorn, M. / Span, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sqn.cif.gz | 98.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sqn.ent.gz | 73.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6sqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6sqn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11248.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012 #2: RNA鎖 | 分子量: 6610.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-potassium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→51.74 Å / Num. obs: 49417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 39.6 % / Rmerge(I) obs: 2.383 / Num. unique obs: 2231 / CC1/2: 0.683 / Rrim(I) all: 2.414 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1URN 解像度: 2.05→48.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.229 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.137 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.5 Å2 / Biso mean: 36.892 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→48.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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