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- PDB-3phd: Crystal structure of human HDAC6 in complex with ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3phd
タイトルCrystal structure of human HDAC6 in complex with ubiquitin
要素
  • Histone deacetylase 6
  • Polyubiquitin
キーワードPROTEIN BINDING / HDAC6 / ubiquitin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of RIG-I signaling pathway ...negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of RIG-I signaling pathway / type 2 mitophagy / negative regulation of protein-containing complex disassembly / : / : / protein modification process => GO:0036211 / peroxidase inhibitor activity / erythrocyte enucleation / regulation of autophagy of mitochondrion / Cilium Assembly / regulation of microtubule-based movement / tubulin deacetylation / protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of protein localization / collateral sprouting / Transcriptional regulation by RUNX2 / tubulin deacetylase activity / negative regulation of microtubule depolymerization / lysosome localization / positive regulation of dendrite morphogenesis / ATPase inhibitor activity / cilium disassembly / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / misfolded protein binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / dendritic spine morphogenesis / positive regulation of type 2 mitophagy / protein deacetylation / aggresome assembly / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / cellular response to misfolded protein / regulation of fat cell differentiation / female meiosis I / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / aggresome / microtubule associated complex / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / cellular response to parathyroid hormone stimulus / response to corticosterone / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / response to dexamethasone / female gonad development / Notch-HLH transcription pathway / seminiferous tubule development / negative regulation of gene expression, epigenetic / axonal transport of mitochondrion / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / male meiosis I / cell leading edge / dynein complex binding / response to immobilization stress / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Peptide chain elongation / histone deacetylase complex / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of epithelial cell migration / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / cilium assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / regulation of macroautophagy / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / HSF1 activation / alpha-tubulin binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / beta-tubulin binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / neuron projection morphogenesis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / negative regulation of proteolysis / Maturation of protein E / inclusion body / multivesicular body
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ureohydrolase domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dong, A. / Qui, W. / Ravichandran, M. / Schuetz, A. / Loppnau, P. / Li, F. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Protein Aggregates Are Recruited to Aggresome by Histone Deacetylase 6 via Unanchored Ubiquitin C Termini.
著者: Ouyang, H. / Ali, Y.O. / Ravichandran, M. / Dong, A. / Qiu, W. / Mackenzie, F. / Dhe-Paganon, S. / Arrowsmith, C.H. / Zhai, R.G.
履歴
登録2010年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Database references
改定 1.32011年11月23日Group: Database references
改定 1.42012年2月8日Group: Database references
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
B: Histone deacetylase 6
C: Histone deacetylase 6
D: Histone deacetylase 6
E: Polyubiquitin
F: Polyubiquitin
G: Polyubiquitin
H: Polyubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,18720
ポリマ－82,4028
非ポリマー78512
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.748, 133.748, 118.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Histone deacetylase 6 / HD6


分子量: 12023.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC6, KIAA0901, JM21 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 ROSETTA-R3 / 参照: UniProt: Q9UBN7, histone deacetylase
#2: タンパク質
Polyubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB, UBA52, UBCEP2, UBC, RPS27A, UBA80, UBCEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG47*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 297 K / pH: 5.6
詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.6, temperature 297K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 22204 / Num. obs: 22204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 92.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceGUI (SSRL)データ収集
MOLREP9.2位相決定
BUSTER2.8.0精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C5K

3c5k


解像度: 3→32.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9073 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8561 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 463 2.09 %RANDOM
Rwork0.2346 ---
all0.2352 22135 --
obs0.2352 22135 --
原子変位パラメータBiso mean: 72.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4578 Å20 Å20 Å2
2---3.4578 Å20 Å2
3---6.9157 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.422 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→32.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 12 2 3321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0134002
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1246482
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9502
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes552
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5305
X-RAY DIFFRACTIONt_it340020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd65
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4515
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact36604
LS精密化 シェル解像度: 3→3.15 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2907 71 2.45 %
Rwork0.2585 2823 -
all0.2593 2894 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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