PDB-6sjt: Crystal structure of the Legionella pneumophila type II secretion...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sjt

タイトル

Crystal structure of the Legionella pneumophila type II secretion system substrate NttC

要素

NttC

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) / type II sectorion system

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila 130b (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.103 Å

データ登録者

Portlock, T.J. / Rehman, S. / Garnett, J.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: Structure, Dynamics and Cellular Insight Into Novel Substrates of theLegionella pneumophilaType II Secretion System.
著者: Portlock, T.J. / Tyson, J.Y. / Dantu, S.C. / Rehman, S. / White, R.C. / McIntire, I.E. / Sewell, L. / Richardson, K. / Shaw, R. / Pandini, A. / Cianciotto, N.P. / Garnett, J.A.

履歴

登録	2019年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sjt.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sjt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6skwC 6xttC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2l5t-d 5vk1-8 6v4e-2 4rxz-2 3ft1-3 6t2e-d 6v4h-2 1ycr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: NttC

BBB: NttC

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: NttC

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: NttC

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.390, 84.390, 151.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-201- HOH

#1: タンパク質	NttC 分子量: 13617.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila 130b (レジオネラ・ニューモフィラ) 遺伝子: lpw18401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C9MKT2
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.5 M ammonium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9796, 0.9797, 0.9681

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月8日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9796	1
2	0.9797	1
3	0.9681	1

反射

解像度: 3.1→73.084 Å / Num. obs: 6280 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / B_iso Wilson estimate: 56.2 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.283 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 437 / CC_1/2: 0.933 / R_pim(I) all: 0.226 / R_rim(I) all: 1.048 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.103→73.084 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.885 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / WR_factor R_free: 0.276 / WR_factor R_work: 0.244 / SU B: 50.593 / SU ML: 0.372 / Average fsc free: 0.8877 / Average fsc work: 0.9134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.975 / ESU R Free: 0.476 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2886	303	4.848 %
R_work	0.2502	5947	-
all	0.252	-	-
obs	-	6250	99.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.307 Å²	-0.154 Å²	0 Å²
2-	-	-0.307 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.996 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.103→73.084 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1626	0	0	1	1627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.281	1.668	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.081	1.564	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.611	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.078	23.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.823	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.478	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.081	0.05	3227

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.103-3.184	0.344	30	0.325	407	0.327	437	0.81	0.852	100	0.299
3.184-3.271	0.453	16	0.307	421	0.312	437	0.836	0.866	100	0.278
3.271-3.365	0.352	18	0.298	402	0.3	420	0.832	0.885	100	0.272
3.365-3.469	0.339	16	0.279	399	0.281	415	0.862	0.899	100	0.248
3.469-3.582	0.337	19	0.289	375	0.291	394	0.857	0.888	100	0.271
3.582-3.708	0.318	23	0.271	365	0.274	388	0.855	0.902	100	0.25
3.708-3.847	0.256	24	0.286	366	0.284	390	0.932	0.895	100	0.263
3.847-4.004	0.275	21	0.25	329	0.252	350	0.92	0.913	100	0.234
4.004-4.181	0.522	13	0.249	332	0.255	345	0.765	0.916	100	0.234
4.181-4.385	0.279	14	0.225	326	0.227	340	0.878	0.939	100	0.215
4.385-4.621	0.193	22	0.221	301	0.219	323	0.96	0.944	100	0.218
4.621-4.9	0.301	18	0.175	289	0.182	307	0.946	0.964	100	0.177
4.9-5.237	0.183	13	0.235	282	0.233	295	0.959	0.946	100	0.222
5.237-5.654	0.325	11	0.232	261	0.236	272	0.929	0.939	100	0.22
5.654-6.19	0.312	11	0.252	239	0.256	250	0.936	0.932	100	0.244
6.19-6.914	0.391	8	0.251	229	0.254	237	0.86	0.93	100	0.247
6.914-7.972	0.312	13	0.214	197	0.221	210	0.921	0.95	100	0.221
7.972-9.735	0.156	6	0.19	176	0.188	182	0.983	0.968	100	0.202
9.735-13.647	0.252	3	0.194	152	0.195	155	0.964	0.977	100	0.212
13.647-73.084	0.298	4	0.395	99	0.392	104	0.964	0.905	99.0385	0.653

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8825	-0.9708	-0.9473	4.3549	1.1432	5.337	0.0857	0.065	-0.3325	0.433	-0.0691	-0.0569	0.2315	0.4527	-0.0165	0.0634	-0.0146	-0.0213	0.6103	-0.1083	0.0477	30.744	3.586	14.794
2	5.3003	-0.6194	2.379	2.7618	2.1496	6.4345	-0.0193	0.5728	0.1005	-0.0367	-0.1526	0.1347	-0.8839	-0.4247	0.1719	0.2335	0.0981	0.0326	0.6003	-0.1122	0.1751	9.616	13.067	7.934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A*	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B*	1 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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