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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sep | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) variant W229E from Blastochloris viridis in Complex with NAD | ||||||
要素 | Homospermidine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Homospermidine Synthase / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / NAD / Putrescine (プトレシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 homospermidine synthase (spermidine-specific) activity / homospermidine synthase / homospermidine synthase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Blastochloris viridis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Helfrich, F. / Scheidig, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structural and catalytic characterization of Blastochloris viridis and Pseudomonas aeruginosa homospermidine synthases supports the essential role of cation-pi interaction. 著者: Helfrich, F. / Scheidig, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sep.cif.gz | 392.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sep.ent.gz | 302.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6sep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6sep | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52980.395 Da / 分子数: 2 / 変異: W229E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア) 遺伝子: hss / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32323, homospermidine synthase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: Sodium acetate, Ammonium acetate, PEG 10000, NDSB-201, Agmatine sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→109.86 Å / Num. obs: 85769 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 18.69 Å2 / Rrim(I) all: 1.23381 / Net I/σ(I): 2.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.91 Å / Num. unique obs: 3354 / Rrim(I) all: 0.77686 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PLP 解像度: 2.2→90.31 Å / SU ML: 0.2869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.5722
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→90.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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