[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4xr4: Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blast... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xr4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blastochloris viridis in Complex with NAD and Agmatine | ||||||
Components | Homospermidine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / homospermidine synthase / oxidoreductase / rossman fold / agmatine | ||||||
Function / homology | Function and homology information homospermidine synthase (spermidine-specific) activity / homospermidine synthase / homospermidine synthase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Blastochloris viridis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.626 Å | ||||||
Authors | Krossa, S. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Comprehensive Structural Characterization of the Bacterial Homospermidine Synthase-an Essential Enzyme of the Polyamine Metabolism. Authors: Krossa, S. / Faust, A. / Ober, D. / Scheidig, A.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xr4.cif.gz | 386.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4xr4.ent.gz | 316.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xr4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xr4 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4plpSC 4tvbC 4xq9C 4xqcC 4xqeC 4xqgC 4xrgC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52494.891 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: MET-199 is oxidized to MHO / Source: (gene. exp.) Blastochloris viridis (bacteria) / Gene: hss / Plasmid: pETM14 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: O32323, homospermidine synthase |
---|
-Non-polymers , 6 types, 1005 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-1PS / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 45.9 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: Na-acetate, ammonium acetate, PEG 10000, NDSB-201, agmatine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 1.23953 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.23953 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.626→90.063 Å / Num. all: 119777 / Num. obs: 119777 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 6.3 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 7.769 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 759636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4plp Resolution: 1.626→9.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.84 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.48 Å2 / Biso mean: 22.8389 Å2 / Biso min: 7.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.626→9.998 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|