[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4xr4: Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blast... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xr4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Homospermidine Synthase (HSS) from Blastochloris viridis in Complex with NAD and Agmatine | ||||||
![]() | Homospermidine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / homospermidine synthase / oxidoreductase / rossman fold / agmatine | ||||||
Function / homology | ![]() homospermidine synthase (spermidine-specific) activity / homospermidine synthase / homospermidine synthase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krossa, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Comprehensive Structural Characterization of the Bacterial Homospermidine Synthase-an Essential Enzyme of the Polyamine Metabolism. Authors: Krossa, S. / Faust, A. / Ober, D. / Scheidig, A.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 386.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 316.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 68.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4plpSC ![]() 4tvbC ![]() 4xq9C ![]() 4xqcC ![]() 4xqeC ![]() 4xqgC ![]() 4xrgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52494.891 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: MET-199 is oxidized to MHO / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 1005 molecules ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PS.gif)
![](data/chem/img/AG2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PS.gif)
![](data/chem/img/AG2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-1PS / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 45.9 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: Na-acetate, ammonium acetate, PEG 10000, NDSB-201, agmatine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.23953 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.626→90.063 Å / Num. all: 119777 / Num. obs: 119777 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 6.3 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 7.769 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 759636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4plp Resolution: 1.626→9.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.84 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.48 Å2 / Biso mean: 22.8389 Å2 / Biso min: 7.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.626→9.998 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|