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- PDB-6sef: Class2C : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6sef
タイトルClass2C : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region
要素
  • (DNA (145-MER)) x 2
  • Centromere protein Cセントロメア
  • Histone H2A type 2-A
  • Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
  • Histone H3-like centromeric protein A
  • Histone H4
キーワードNUCLEAR PROTEIN / CENP-A / nucleosome (ヌクレオソーム) / centromere (セントロメア) / centromeric chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Meiotic synapsis / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Packaging Of Telomere Ends / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA ...Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Meiotic synapsis / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Packaging Of Telomere Ends / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / Condensation of Prophase Chromosomes / Oxidative Stress Induced Senescence / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Separation of Sister Chromatids / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Mitotic Prometaphase / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Metalloprotease DUBs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Processing of DNA double-strand break ends / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / G2/M DNA damage checkpoint / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Estrogen-dependent gene expression / 遺伝的組換え / Amyloid fiber formation / RHO GTPases Activate Formins / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RMTs methylate histone arginines / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Transcriptional regulation by small RNAs / DNAメチル化 / HDACs deacetylate histones / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / SUMOylation of chromatin organization proteins / NoRC negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / HATs acetylate histones / attachment of spindle microtubules to kinetochore involved in homologous chromosome segregation / condensed chromosome inner kinetochore / centromeric DNA binding / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / nuclear pericentric heterochromatin / Flemming body / condensed nuclear chromosome kinetochore / negative regulation of megakaryocyte differentiation / condensed nuclear chromosome, centromeric region / CENP-A containing nucleosome assembly / establishment of mitotic spindle orientation / cleavage furrow / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / chromosome, centromeric region / 細胞結合 / pericentric heterochromatin / mitotic cytokinesis / innate immune response in mucosa / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nuclear nucleosome / chromatin silencing at rDNA / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleosomal DNA binding / 動原体 / regulation of gene silencing by miRNA / nuclear chromosome / DNA-templated transcription, initiation / chromosome segregation / regulation of megakaryocyte differentiation / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / protein heterotetramerization / midbody / chromatin organization / mitotic cell cycle / double-strand break repair via nonhomologous end joining / antibacterial humoral response / nuclear chromosome, telomeric region / nuclear body / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / protein ubiquitination / defense response to Gram-positive bacterium / 細胞分裂 / nuclear chromatin / protein domain specific binding / chromatin binding / viral process / cellular protein metabolic process
RmlC-like jelly roll fold / Histone H2B / Histone H3/CENP-A / Histone H2B signature. / Histone H3 signature 2. / Histone H2A / Histone H2A signature. / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H2A, C-terminal domain ...RmlC-like jelly roll fold / Histone H2B / Histone H3/CENP-A / Histone H2B signature. / Histone H3 signature 2. / Histone H2A / Histone H2A signature. / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H2A, C-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Mif2/CENP-C like / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Histone H2A conserved site / CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Mif2/CENP-C cupin domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / RmlC-like cupin domain superfamily / Histone-fold / C-terminus of histone H2A
Histone H3-like centromeric protein A / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Centromere protein C / Histone H2A type 2-A
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Ali-Ahmad, A. / Bilokapic, S. / Schafer, I.B. / Halic, M. / Sekulic, N.
資金援助 ノルウェー, ドイツ, 2件
組織認可番号
Norwegian Research Council263195 ノルウェー
European Research CouncilERC-smallRNAhet-309584 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO Rep. / : 2019
タイトル: CENP-C unwraps the human CENP-A nucleosome through the H2A C-terminal tail.
著者: Ahmad Ali-Ahmad / Silvija Bilokapić / Ingmar B Schäfer / Mario Halić / Nikolina Sekulić /
要旨: Centromeres are defined epigenetically by nucleosomes containing the histone H3 variant CENP-A, upon which the constitutive centromere-associated network of proteins (CCAN) is built. CENP-C is ...Centromeres are defined epigenetically by nucleosomes containing the histone H3 variant CENP-A, upon which the constitutive centromere-associated network of proteins (CCAN) is built. CENP-C is considered to be a central organizer of the CCAN. We provide new molecular insights into the structure of human CENP-A nucleosomes, in isolation and in complex with the CENP-C central region (CENP-C ), the main CENP-A binding module of human CENP-C. We establish that the short αN helix of CENP-A promotes DNA flexibility at the nucleosome ends, independently of the sequence it wraps. Furthermore, we show that, in vitro, two regions of human CENP-C (CENP-C and CENP-C ) both bind exclusively to the CENP-A nucleosome. We find CENP-C to bind with high affinity due to an extended hydrophobic area made up of CENP-A and CENP-A . Importantly, we identify two key conformational changes within the CENP-A nucleosome upon CENP-C binding. First, the loose DNA wrapping of CENP-A nucleosomes is further exacerbated, through destabilization of the H2A C-terminal tail. Second, CENP-C rigidifies the N-terminal tail of H4 in the conformation favoring H4 monomethylation, essential for a functional centromere.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3-like centromeric protein A
B: Histone H4
C: Histone H2A type 2-A
D: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
E: Histone H3-like centromeric protein A
F: Histone H4
G: Histone H2A type 2-A
H: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
I: DNA (145-MER)
J: DNA (145-MER)
V: Centromere protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,67811
ポリマ-214,67811
非ポリマー00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area54290 Å2
ΔGint-399 kcal/mol
Surface area75800 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質・ペプチド , 5種, 9分子 AEBFCGDHV

#1: タンパク質・ペプチド Histone H3-like centromeric protein A / Centromere autoantigen A / Centromere protein A / CENP-A


分子量: 16023.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49450
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4 /


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#3: タンパク質・ペプチド Histone H2A type 2-A / Histone H2A.2 / Histone H2A/o


分子量: 14125.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST2H2AA3, H2AFO, HIST2H2AA, HIST2H2AA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FI13
#4: タンパク質・ペプチド Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H2B.1 A / Histone H2B.a / H2B/a / Histone H2B.g / H2B/g / Histone H2B.h / H2B/h / Histone H2B.k / H2B/k / Histone H2B.l / H2B/l


分子量: 13937.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H2BC, H2BFL, HIST1H2BE, H2BFH, HIST1H2BF, H2BFG, HIST1H2BG, H2BFA, HIST1H2BI, H2BFK
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62807
#7: タンパク質・ペプチド Centromere protein C / セントロメア / CENP-C / Centromere autoantigen C / Centromere protein C 1 / CENP-C 1 / Interphase centromere complex protein 7


分子量: 14204.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPC, CENPC1, ICEN7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03188

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素

タイプ: COMPLEX

ID名称Entity IDParent-ID由来
1CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region1,2,3,4,5,6,70MULTIPLE SOURCES
2nucleosomeヌクレオソーム1,2,3,4,71RECOMBINANT
3DNAデオキシリボ核酸5,61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)

Ncbi tax-ID: 562 / 生物種: Escherichia coli (大腸菌)

IDEntity assembly-ID
22
33
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 100 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア

分類: 精密化 / バージョン: 1.14_3260 / NB:

名称
phenix.real_space_refine
PHENIX
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化Stereochemistry target values: CDL v1.2
拘束条件

精密化-ID: ELECTRON MICROSCOPY

タイプDev ideal
f_bond_d0.006912730
f_angle_d0.841818433
f_chiral_restr0.05172086
f_plane_restr0.00491322
f_dihedral_angle_d25.92466608

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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