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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rbb | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF the VhH-domain of anti-IL-17A antibody netakimab | ||||||
要素 | VHH domain of netakimab | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / VHH / antibody netakimab / complementarity determining regions (相補性決定領域) / IL-17A / psoriasis (乾癬) | ||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kostareva, O.S. / Kolyadenko, I.A. / Ulitin, A.B. / Ekimova, V.M. / Evdokimov, S.R. / Garber, M.B. / Tishchenko, T.V. / Gabdulkhakov, A.G. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF the VhH-domain of anti-IL-17A antibody netakimab 著者: Kostareva, O.S. / Kolyadenko, I.A. / Ulitin, A.B. / Ekimova, V.M. / Evdokimov, S.R. / Garber, M.B. / Tishchenko, T.V. / Gabdulkhakov, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rbb.cif.gz | 101.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rbb.ent.gz | 78.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/6rbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/6rbb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6qkdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13241.626 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50mMNa AcpH 5.5, 150mMNaCl with 0.1M Citrate pH 5, 20% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 21024 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3076 / % possible all: 90.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QKD 解像度: 2.45→41.846 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 32.24
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→41.846 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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