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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qxx | ||||||||||||||||||
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タイトル | Pink beam serial crystallography: Lysozyme, 5 us exposure, 14793 patterns merged | ||||||||||||||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / pink beam / fixed-target / serial crystallography / lysozyme (リゾチーム) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Lieske, J. / Tolstikova, A. / Meents, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2019 タイトル: 1 kHz fixed-target serial crystallography using a multilayer monochromator and an integrating pixel detector. 著者: Tolstikova, A. / Levantino, M. / Yefanov, O. / Hennicke, V. / Fischer, P. / Meyer, J. / Mozzanica, A. / Redford, S. / Crosas, E. / Opara, N.L. / Barthelmess, M. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / ...著者: Tolstikova, A. / Levantino, M. / Yefanov, O. / Hennicke, V. / Fischer, P. / Meyer, J. / Mozzanica, A. / Redford, S. / Crosas, E. / Opara, N.L. / Barthelmess, M. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / Wator, E. / Mohacsi, I. / Wulff, M. / Schmitt, B. / Chapman, H.N. / Meents, A. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qxx.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qxx.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qxx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 50mM sodium acetate 3.5, 0.75M sodium chloride, 30% ethylene glycol, 11.25% polyethylene glycol 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.8058-0.8262 | |||||||||
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→28.235 Å / Num. obs: 14024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 192.1 % / CC1/2: 0.9877 / Net I/σ(I): 10.72 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 1348 / CC1/2: 0.7895 | |||||||||
Serial crystallography sample delivery | 解説: Roadrunner II / 手法: fixed target | |||||||||
Serial crystallography sample delivery fixed target | 解説: Roadrunner II |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6FTR 解像度: 1.7→28.235 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.63
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.89 Å2 / Biso mean: 24.4498 Å2 / Biso min: 9.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→28.235 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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