[日本語] English
- PDB-6qx3: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase Hetermotrimer in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qx3
タイトルInfluenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
要素
  • Nb8205
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Influenza A (A型インフルエンザウイルス) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Influenza polymerase / Influenza dimer / RDRP (RNA依存性RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / suppression by virus of host RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / suppression by virus of host MAVS activity / ウイルス / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / endonuclease activity ...cap snatching / suppression by virus of host RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / suppression by virus of host MAVS activity / ウイルス / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / endonuclease activity / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / host cell cytoplasm / Hydrolases, Acting on ester bonds / transcription, DNA-templated / host cell nucleus / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / PA/PA-X superfamily / Polymerase acidic protein / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus
Polymerase basic protein 2 / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
生物種Lama glama (ラマ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Carrique, L. / Keown, J.R. / Fan, H. / Fodor, E. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication.
著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell
Item: _cell.length_a / _cell.length_b ..._cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _cell.volume
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4661
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
G: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*U)-3')
O: Nb8205
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
A: Polymerase acidic protein
C: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,7056
ポリマ-280,7056
非ポリマー00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27290 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area55920 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 DG

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4901.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*U)-3')


分子量: 4683.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

-
タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 OBAC

#3: タンパク質・ペプチド Nb8205


分子量: 14835.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86524.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: PB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q910D6, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#5: タンパク質・ペプチド Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 83100.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
: A/Northern Territory/60/1968 H3N2 / 遺伝子: PA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03434, Hydrolases, Acting on ester bonds
#6: タンパク質・ペプチド Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 86659.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
: A/Northern Territory/60/1968 H3N2 / 遺伝子: PB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03429

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205
タイプ: COMPLEX
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 0.25 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: Sample was purified in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl with Tween 20 added to a final concentration 0f 0.05% prior to plunging grids.
緩衝液成分

Buffer-ID: 1

ID濃度名称
120 mMHEPES
2150 mMNaCl塩化ナトリウム
試料濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3.5 sec before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ冷却材: NITROGEN / モデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 6 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2456
電子光学装置位相版: Volta phase plate
画像スキャン動画フレーム数/画像: 24

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.5粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION33次元再構成
19PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 505860 / 詳細: template picking in cryosparc v2.5
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.79 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52932 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 110 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6QPG
精密化Stereochemistry target values: CDL v1.2
拘束条件

精密化-ID: ELECTRON MICROSCOPY

タイプDev ideal
f_bond_d0.00521852
f_angle_d0.733839435
f_chiral_restr0.0431666
f_plane_restr0.00333190
f_dihedral_angle_d8.47698799

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る