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- PDB-6qpf: Influenza A virus Polymerase Heterotrimer A/duck/Fujian/01/2002(H5N1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qpf
タイトルInfluenza A virus Polymerase Heterotrimer A/duck/Fujian/01/2002(H5N1)
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Influenza A / RNA polymerase / Influenza polymerase / Influenza dimer / RDRP
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component => GO:0044423 / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / cap snatching / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...virion component => GO:0044423 / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / cap snatching / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.634 Å
データ登録者Fan, H.T. / Keown, J.R. / Fodor, E. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R009945/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication.
著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
G: Polymerase acidic protein
H: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
I: Polymerase basic protein 2
J: Polymerase acidic protein
K: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
L: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,024,31412
ポリマ－1,024,31412
非ポリマー00
水00
1
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,0793
ポリマ－256,0793
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33260 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area95620 Å2
手法PISA
2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,0793
ポリマ－256,0793
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32480 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area97440 Å2
手法PISA
3
G: Polymerase acidic protein
H: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
I: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,0793
ポリマ－256,0793
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34120 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area95810 Å2
手法PISA
4
J: Polymerase acidic protein
K: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
L: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,0793
ポリマ－256,0793
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32960 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area94100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)337.122, 192.859, 235.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))
21(chain F and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))
31(chain I and (resid 1 through 79 or resid 89 through 756))
41(chain L and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))
12(chain B and (resid 1 through 179 or resid 209...
22(chain E and (resid 1 through 348 or resid 374 through 632 or resid 657 through 756))
32(chain H and (resid 1 through 179 or resid 209...
42(chain K and (resid 1 through 179 or resid 209...
13(chain A and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))
23(chain D and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))
33(chain G and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))
43chain J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETSERSER(chain C and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))CC1 - 791 - 79
121VALVALTRPTRP(chain C and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))CC89 - 53789 - 537
131SERSERMETMET(chain C and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))CC544 - 756544 - 756
211METMETSERSER(chain F and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))FF1 - 791 - 79
221VALVALTRPTRP(chain F and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))FF89 - 53789 - 537
231SERSERMETMET(chain F and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))FF544 - 756544 - 756
311METMETSERSER(chain I and (resid 1 through 79 or resid 89 through 756))II1 - 791 - 79
321VALVALMETMET(chain I and (resid 1 through 79 or resid 89 through 756))II89 - 75689 - 756
411METMETSERSER(chain L and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))LL1 - 791 - 79
421VALVALTRPTRP(chain L and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))LL89 - 53789 - 537
431SERSERMETMET(chain L and (resid 1 through 79 or resid 89 through 537 or resid 544 through 756))LL544 - 756544 - 756
112METMETMETMET(chain B and (resid 1 through 179 or resid 209...BB1 - 1791 - 179
122LYSLYSMETMET(chain B and (resid 1 through 179 or resid 209...BB209 - 348209 - 348
132METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 179 or resid 209...BB1 - 7561 - 756
142TYRTYRPROPRO(chain B and (resid 1 through 179 or resid 209...BB657 - 668657 - 668
152ASPASPGLNGLN(chain B and (resid 1 through 179 or resid 209...BB685 - 756685 - 756
212METMETMETMET(chain E and (resid 1 through 348 or resid 374 through 632 or resid 657 through 756))EE1 - 3481 - 348
222ALAALAVALVAL(chain E and (resid 1 through 348 or resid 374 through 632 or resid 657 through 756))EE374 - 632374 - 632
232TYRTYRGLNGLN(chain E and (resid 1 through 348 or resid 374 through 632 or resid 657 through 756))EE657 - 756657 - 756
312METMETMETMET(chain H and (resid 1 through 179 or resid 209...HH1 - 1791 - 179
322LYSLYSMETMET(chain H and (resid 1 through 179 or resid 209...HH209 - 348209 - 348
332ALAALAVALVAL(chain H and (resid 1 through 179 or resid 209...HH374 - 632374 - 632
342TYRTYRPROPRO(chain H and (resid 1 through 179 or resid 209...HH657 - 668657 - 668
352ASPASPGLNGLN(chain H and (resid 1 through 179 or resid 209...HH685 - 756685 - 756
412METMETMETMET(chain K and (resid 1 through 179 or resid 209...KK1 - 1791 - 179
422LYSLYSMETMET(chain K and (resid 1 through 179 or resid 209...KK209 - 348209 - 348
432ALAALAPROPRO(chain K and (resid 1 through 179 or resid 209...KK374 - 668374 - 668
442ASPASPGLNGLN(chain K and (resid 1 through 179 or resid 209...KK685 - 756685 - 756
113METMETMETMET(chain A and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))AA1 - 3741 - 374
123PHEPHEARGARG(chain A and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))AA381 - 716381 - 716
213METMETMETMET(chain D and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))DD1 - 3741 - 374
223PHEPHEARGARG(chain D and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))DD381 - 716381 - 716
313METMETMETMET(chain G and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))GG1 - 3741 - 374
323PHEPHEARGARG(chain G and (resid 1 through 374 or resid 381 through 716))GG381 - 716381 - 716
413METMETARGARGchain JJJ1 - 7161 - 716

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 82710.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3YNB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86546.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3YNB6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 86821.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3YNB5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 1M Phosphate Potassium Sodium pH6.9, 0.07% Dichloromethane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.634→235.611 Å / Num. obs: 143100 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 76.82 Å2 / CC1/2: 0.88 / Rmerge(I) obs: 0.484 / Rpim(I) all: 0.31 / Rrim(I) all: 0.576 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
3.85-4.053.52.539208780.3751.6083.013
12.16-235.613.20.25446590.8820.1630.302

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5d98

5d98


解像度: 3.634→235.611 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3229 4059 4.99 %
Rwork0.277 --
obs0.2794 81274 47.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 252.81 Å2 / Biso mean: 101.2285 Å2 / Biso min: 15.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.634→235.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数67760 0 0 0 67760
残基数----8449
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C8668X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
12F8668X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
13I8668X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
14L8668X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
21B7744X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
22E7744X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
23H7744X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
24K7744X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
31A8816X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
32D8816X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
33G8816X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
34J8816X-RAY DIFFRACTION2.831TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6344-3.67720.457220.50622123
3.6772-3.7220.569230.427686892
3.722-3.76910.224570.3291351422
3.7691-3.81870.4272120.33832212334
3.8187-3.87110.3486150.33552993145
3.8711-3.92640.3297220.32323854077
3.9264-3.9850.4342240.33194314558
3.985-4.04730.3315240.352357359710
4.0473-4.11360.3477410.309174578613
4.1136-4.18460.3307540.3058946100017
4.1846-4.26070.3776630.28541144120721
4.2607-4.34260.3638670.29681387145425
4.3426-4.43130.3241860.2951643172930
4.4313-4.52760.3617930.291920201334
4.5276-4.63290.36151360.27872280241641
4.6329-4.74880.30711390.26072671281048
4.7488-4.87720.31391590.26393037319655
4.8772-5.02080.34451880.27733334352260
5.0208-5.18280.34442010.28613601380265
5.1828-5.36810.322090.29893967417671
5.3681-5.5830.3792300.31394428465880
5.583-5.83710.37772760.30995065534191
5.8371-6.14490.32422860.31575452573898
6.1449-6.52990.36412920.330155665858100
6.5299-7.03410.37622940.317455655859100
7.0341-7.7420.32032930.287555925885100
7.742-8.86240.31142820.236255975879100
8.8624-11.16570.22062810.195456035884100
11.1657-236.10790.31082800.2725521580196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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