[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4zkt: Crystal structure of the progenitor M complex of Clostridium botu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zkt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the progenitor M complex of Clostridium botulinum type E neurotoxin | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | Hydrolase/Toxin / BoNT/E-NTNHE hetero-dimer / acidic cluster / domain swap / progenitor complex / Hydrolase-Toxin complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / : / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / zinc ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.05 Å | ||||||
Authors | Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2015 Title: Molecular Assembly of Clostridium botulinum progenitor M complex of type E. Authors: Eswaramoorthy, S. / Sun, J. / Li, H. / Singh, B.R. / Swaminathan, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zkt.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4zkt.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zkt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zkt_validation.pdf.gz | 524 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4zkt_full_validation.pdf.gz | 741.3 KB | Display | |
Data in XML | 4zkt_validation.xml.gz | 245.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4zkt_validation.cif.gz | 329.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkt | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 143990.359 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Clostridium botulinum (strain Alaska E43 / Type E3) (bacteria) Strain: Alaska E43 / Type E3 References: UniProt: B2V3U7, UniProt: A0A0X1KH89*PLUS, bontoxilysin #2: Protein | Mass: 136953.344 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Clostridium botulinum (strain Alaska E43 / Type E3) (bacteria) Strain: Alaska E43 / Type E3 / References: UniProt: B2V3U8, UniProt: A0A0X1KH90*PLUS #3: Chemical | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.77 Å3/Da / Density % sol: 67 % / Description: Three hetero-dimers per asymmetric unit |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 5.0ul sample was equilibrated against 600ul of 6 - 8% PEG 4000 and 0.1M sodium acetate of pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 165586 / % possible obs: 69.8 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 110.6 Å2 / Net I/σ(I): 2.3 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3FFZ, 3V0A Resolution: 3.05→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 38.792 / SU ML: 0.597 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.762 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 134.999 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.05→49.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|