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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qcc | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Atomic Structure of Broad Bean Stain Virus (BBSV) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / comovirus capsid plant virus BBSV | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / membrane => GO:0016020 / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Broad bean stain virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lecorre, F. / Lai Jee Him, J. / Blanc, S. / Zeddam, J.-L. / Trapani, S. / Bron, P. | ||||||||||||
資金援助 | New Caledonia, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2019 タイトル: The cryo-electron microscopy structure of Broad Bean Stain Virus suggests a common capsid assembly mechanism among comoviruses. 著者: François Lecorre / Joséphine Lai-Kee-Him / Stéphane Blanc / Jean-Louis Zeddam / Stefano Trapani / Patrick Bron / 要旨: The Broad bean stain virus (BBSV) is a member of the genus Comovirus infecting Fabaceae. The virus is transmitted through seed and by plant weevils causing severe and widespread disease worldwide. ...The Broad bean stain virus (BBSV) is a member of the genus Comovirus infecting Fabaceae. The virus is transmitted through seed and by plant weevils causing severe and widespread disease worldwide. BBSV has a bipartite, positive-sense, single-stranded RNA genome encapsidated in icosahedral particles. We present here the cryo-electron microscopy reconstruction of the BBSV and an atomic model of the capsid proteins refined at 3.22 Å resolution. We identified residues involved in RNA/capsid interactions revealing a unique RNA genome organization. Inspection of the small coat protein C-terminal domain highlights a maturation cleavage between Leu567 and Leu568 and interactions of the C-terminal stretch with neighbouring small coat proteins within the capsid pentameric turrets. These interactions previously proposed to play a key role in the assembly of the Cowpea mosaic virus suggest a common capsid assembly mechanism throughout all comovirus species. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qcc.cif.gz | 102.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qcc.ent.gz | 82.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/6qcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/6qcc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41247.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Broad bean stain virus (ウイルス) / 参照: UniProt: D0PSV7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23589.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Broad bean stain virus (ウイルス) / 参照: UniProt: D0PSV7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Broad bean stain virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Broad bean stain virus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Vicia faba |
ウイルス殻 | 名称: capsidカプシド / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: Phosphateリン酸塩 / 式: K2HPO4/KH2PO4 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K / 詳細: blot for 1 second before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2899 / 詳細: 1494 images were retained for 3D reconstruction |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 / 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 3-9 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 35663 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17233 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1NY7 |