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- PDB-1ny7: COWPEA MOSAIC VIRUS (CPMV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ny7
タイトルCOWPEA MOSAIC VIRUS (CPMV)
要素
  • COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT
  • COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT
キーワードVIRUS / COMOVIRUS / VIRAL COAT PROTEIN / COWPEA MOSAIC VIRUS (CPMV) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / GTP binding / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lin, T. / Chen, Z. / Usha, R. / Stauffacher, C.V. / Dai, J.-B. / Schmidt, T. / Johnson, J.E.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 1999
タイトル: The Refined Crystal Structure of Cowpea Mosaic Virus at 2.8A Resolution
著者: Lin, T. / Chen, Z. / Usha, R. / Stauffacher, C.V. / Dai, J.-B. / Schmidt, T. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: Crystallography in Molecular Biology / 年: 1987
タイトル: The structure of cowpea mosaic virus at 3.5 A resolution
著者: Stauffacher, C.V. / Usha, R. / Harrington, M. / Schmidt, T. / Hosur, M. / Johnson, J.E.
履歴
登録2003年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月9日Group: Database references
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT
2: COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8202
ポリマ－61,8202
非ポリマー00
水1,15364
1
1: COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT
2: COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,709,200120
ポリマ－3,709,200120
非ポリマー00
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT
2: COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 309 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,10010
ポリマ－309,10010
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT
2: COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 371 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,92012
ポリマ－370,92012
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT
2: COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 309 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,10010
ポリマ－309,10010
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)317.000, 317.000, 317.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質 COWPEA MOSAIC VIRUS, SMALL (S) SUBUNIT / CPMV / Genome polyprotein M [Contains: Coat protein VP37 / Coat protein VP23]


分子量: 20961.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
属: Comovirus / 参照: UniProt: P03599
#2: タンパク質 COWPEA MOSAIC VIRUS, LARGE (L) SUBUNIT / CPMV / Genome polyprotein M [Contains: Coat protein VP37 / Coat protein VP23]


分子量: 40858.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
属: Comovirus / 参照: UniProt: P03599
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, potasium phosphate, ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.4 Mammonium sulfate1reservoir
22 %(w/v)PEG80001reservoir
30.05 Mpotassium phosphate1reservoirpH7.0
435 mg/mlprotein1drop
50.05 Mpotassium phosphate1droppH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: KODAK / 検出器: FILM / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 105051 / Num. obs: 89846 / % possible obs: 85.53 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 71.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 102333 / Num. measured all: 285379 / Rmerge(I) obs: 0.109

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
MGROSCデータ削減
MGROSCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, 分子置換 / 解像度: 3→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.202 --
obs0.202 88089 86.2 %
all-88089 -
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4343 0 0 64 4407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.258 12129 -
obs--71.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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