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- PDB-6pnj: Structure of Photosystem I Acclimated to Far-red Light -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pnj
タイトルStructure of Photosystem I Acclimated to Far-red Light
要素
  • (Photosystem I ...光化学系I) x 11
  • Photosystem one PsaX
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / trimeric alpha helical complex
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II ...Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / Chlorophyll F / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center protein subunit XI ...Β-カロテン / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / Chlorophyll F / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center protein subunit XI / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem one PsaX / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Gisriel, C.J. / Shen, G. / Kurashov, V. / Ho, M. / Zhang, S. / Williams, D. / Golbeck, J.H. / Fromme, P. / Bryant, D.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1531991 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC 0001035 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41-GM103311 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The structure of Photosystem I acclimated to far-red light illuminates an ecologically important acclimation process in photosynthesis.
著者: Christopher Gisriel / Gaozhong Shen / Vasily Kurashov / Ming-Yang Ho / Shangji Zhang / Dewight Williams / John H Golbeck / Petra Fromme / Donald A Bryant /
要旨: Phototrophic organisms are superbly adapted to different light environments but often must acclimate to challenging competition for visible light wavelengths in their niches. Some cyanobacteria ...Phototrophic organisms are superbly adapted to different light environments but often must acclimate to challenging competition for visible light wavelengths in their niches. Some cyanobacteria overcome this challenge by expressing paralogous photosynthetic proteins and by synthesizing and incorporating ~8% chlorophyll f into their Photosystem I (PSI) complexes, enabling them to grow under far-red light (FRL). We solved the structure of FRL-acclimated PSI from the cyanobacterium PCC 7521 by single-particle, cryo-electron microscopy to understand its structural and functional differences. Four binding sites occupied by chlorophyll f are proposed. Subtle structural changes enable FRL-adapted PSI to extend light utilization for oxygenic photosynthesis to nearly 800 nm. This structure provides a platform for understanding FRL-driven photosynthesis and illustrates the robustness of adaptive and acclimation mechanisms in nature.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年2月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20397
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I protein PsaD
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
I: photosystem I subunit VIII
J: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
K: photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center protein subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
N: Photosystem I iron-sulfur center
O: Photosystem I protein PsaD
P: Photosystem I reaction center subunit IV
Q: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
R: photosystem I subunit VIII
S: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
T: photosystem I reaction center subunit PsaK
U: Photosystem I reaction center protein subunit XI
V: Photosystem I reaction center subunit XII
W: Photosystem one PsaX
X: Photosystem one PsaX
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I protein PsaD
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
i: photosystem I subunit VIII
j: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
k: photosystem I reaction center subunit PsaK
l: Photosystem I reaction center protein subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
x: Photosystem one PsaX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,115,867408
ポリマ－820,50236
非ポリマー295,365372
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 11種, 33分子 AGaBHbCNcDOdEPeFQfIRiJSjKTkLUl...

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA / photosystem I core protein PsaA


分子量: 87627.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FME9, 光化学系I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB / photosystem I core protein PsaB


分子量: 83450.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2N6KXB6, UniProt: G6FMF0*PLUS, 光化学系I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8853.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FW50, 光化学系I
#4: タンパク質 Photosystem I protein PsaD / 光化学系I


分子量: 17776.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FW99
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / 光化学系I


分子量: 8070.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FQU3
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III / 光化学系I


分子量: 17788.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FMD3
#7: タンパク質 photosystem I subunit VIII / 光化学系I


分子量: 7735.956 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2N6MR25, UniProt: A0A2N6M8S7*PLUS
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / 光化学系I


分子量: 5435.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FMD2
#9: タンパク質・ペプチド photosystem I reaction center subunit PsaK / 光化学系I


分子量: 3615.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FV28
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center protein subunit XI / 光化学系I


分子量: 18543.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2N6M3Z9, UniProt: G6FMF1*PLUS
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / 光化学系I / PSI-M


分子量: 3471.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FWT6

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 WXx

#12: タンパク質 Photosystem one PsaX


分子量: 11132.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FSH2
#21: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 366分子

#13: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物
ChemComp-F6C / Chlorophyll F / [methyl 9-ethenyl-14-ethyl-8-formyl-4,13,18-trimethyl-20-oxo-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,23,25-tetradehydro-24,26-dihydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]magnesium / Chlorophyll f


分子量: 905.457 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H68MgN4O6
#16: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#17: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#22: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PCC 7521光化学系I
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1300 mMtricineトリシン (緩衝剤)C6H13NO51
250 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.02 %BDDM1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.5252 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.7画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178666 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.2→424 Å / SU ML: 0.9762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 44.0042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3845 1994 0.04 %
Rwork0.3914 4868372 -
obs0.3914 4870366 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.23 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0175438
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.92106725
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07949558
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012212768
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.849429226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.55771440.5435348767ELECTRON MICROSCOPY100
3.28-3.370.54031440.5333348698ELECTRON MICROSCOPY100
3.37-3.470.51641560.5167346889ELECTRON MICROSCOPY100
3.47-3.580.45911320.4898347726ELECTRON MICROSCOPY100
3.58-3.710.44291440.4584348122ELECTRON MICROSCOPY100
3.71-3.860.39171110.4193347330ELECTRON MICROSCOPY100
3.86-4.030.36311440.3727348382ELECTRON MICROSCOPY100
4.03-4.240.32161440.3336347776ELECTRON MICROSCOPY100
4.24-4.510.31641440.3011348159ELECTRON MICROSCOPY100
4.51-4.860.27071440.2931347568ELECTRON MICROSCOPY99.99
4.86-5.350.32421430.2992347688ELECTRON MICROSCOPY99.96
5.35-6.120.31831440.3273348078ELECTRON MICROSCOPY100
6.12-7.710.30651440.3108347676ELECTRON MICROSCOPY100
7.71-427.770.23151560.2675345513ELECTRON MICROSCOPY99.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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