PDB-6pf8: Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pf8

タイトル

Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP and 2-(4-((2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl)benzamido)-4-chlorobenzoic acid

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / TS / TS-DHFR /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process /

dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process /

メチル化
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.533 Å

データ登録者

Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI083146	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	5T32AI007404	米国

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure activity relationship towards design of cryptosporidium specific thymidylate synthase inhibitors.
著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Deiana, L. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

履歴

登録	2019年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pf8.cif.gz	538.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pf8.ent.gz	439.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pf3C 6pf4C 6pf5C 6pf6C 6pf7C 6pf9C 6pfaC 6pfbC 6pfcC 6pfdC 6pfeC 6pffC 6pfgC 6pfhC 6pfiC 4q0eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pf7-3 6pfg-1 6pfd-2 6pfc-3 2oip-2 6pf7-1 6pfc-2 4ky8-1 6pfa-1 6pfi-2 6pfb-3 6pff-2 6pff-1 6pfa-3 4q0e-2 6pfh-2 3hj3-2 3dl6-1 3dl6-2 6pfi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

311 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	214.777, 117.537, 222.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) 遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9

#1: タンパク質

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9

-
非ポリマー , 5種, 632分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP / Fluorodeoxyuridylate タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₂FN₂O₈P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-OE7 / 2-({4-[(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl]benzene-1-carbonyl}amino)-4-chlorobenzoic acid 分子量: 437.836 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₆ClN₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト / メトトレキサート分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.3 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution 20 % PEG 6000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.06 M lithium sulfate, 0.1 M Tris Drop ratio 2:1 enzyme mix/well solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 180633 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.989 / R_sym value: 0.125 / Net I/σ(I): 7.49
反射シェル	解像度: 2.53→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 27377 / CC_1/2: 0.793 / R_sym value: 0.605 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: 000)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q0E

4q0e

解像度: 2.533→47.875 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	9027	5 %
R_work	0.2015	-	-
obs	0.2027	180529	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.533→47.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20379	0	665	612	21656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	21569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531	29295
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.882	12573
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	3118
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3728

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5329-2.5616	0.3821	201	0.335	3806	X-RAY DIFFRACTION	66
2.5616-2.5918	0.3331	304	0.3009	5774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5918-2.6234	0.3195	304	0.2723	5767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6234-2.6566	0.3199	303	0.2852	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.6915	0.3404	300	0.2881	5708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6915-2.7284	0.2929	305	0.2737	5770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7284-2.7674	0.3174	301	0.2755	5748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7674-2.8087	0.3056	305	0.2817	5781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8087-2.8526	0.3077	303	0.2589	5757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8526-2.8993	0.2699	304	0.2478	5781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8993-2.9493	0.3008	303	0.2603	5760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9493-3.0029	0.2864	303	0.2477	5747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0029-3.0607	0.2735	303	0.2392	5795	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0607-3.1231	0.2724	301	0.2417	5717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1231-3.191	0.2825	304	0.249	5767	X-RAY DIFFRACTION	99
3.191-3.2652	0.2587	303	0.244	5759	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2652-3.3469	0.2993	302	0.2415	5752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3469-3.4374	0.2616	303	0.2308	5748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4374-3.5385	0.2256	304	0.2198	5777	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5385-3.6526	0.2331	305	0.2085	5790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6526-3.7831	0.2239	301	0.203	5732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7831-3.9345	0.2314	306	0.195	5806	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9345-4.1135	0.2124	304	0.1801	5766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1135-4.3303	0.1681	304	0.1552	5785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3303-4.6014	0.1481	306	0.1382	5811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6014-4.9563	0.1678	307	0.1408	5832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9563-5.4544	0.1601	306	0.1537	5822	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4544-6.2422	0.195	308	0.1749	5852	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2422-7.8589	0.1887	310	0.1635	5883	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8589-47.8831	0.1587	314	0.1525	5929	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

-
非ポリマー , 5種, 632分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

-非ポリマー , 5種, 632分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

-
非ポリマー , 5種, 632分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)