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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oby | ||||||
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タイトル | The nucleotide-binding protein AF_226 in complex with ADP from Archaeoglobus fulgidus with Co found by PIXE. Based on 3KB1. | ||||||
要素 | Iron-sulfur cluster carrier protein | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / ALPHA-BETA PROTEIN / PIXE (粒子線励起X線分析) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent FeS chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.87 Å | ||||||
データ登録者 | Snell, E.H. / Garman, E.F. / Lowe, E.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020 タイトル: High-Throughput PIXE as an Essential Quantitative Assay for Accurate Metalloprotein Structural Analysis: Development and Application. 著者: Grime, G.W. / Zeldin, O.B. / Snell, M.E. / Lowe, E.D. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Snell, E.H. / Garman, E.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 0 | THIS ENTRY 6OBY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3KB1, DETERMINED BY F. ...THIS ENTRY 6OBY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3KB1, DETERMINED BY F.FOROUHAR,S.LEW,M.ABASHIDZE,J.SEETHARAMAN,M.MAO,R.XIAO, C.CICCOSANTI,H.WANG,J.K.EVERETT,R.NAIR,T.B.ACTON,B.ROST,.T.MONTELIONE,J.F.HUNT,L.TONG,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oby.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oby.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6oby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6oby | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29462.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: O28015 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 % / 解説: Authors used the sf data from the entry 3KB1 |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PROTEIN SOLUTION: 100MM NACL, 5MM DTT, 0.02% NAN3, 10MM TRIS-HCL (PH 7.5). RESERVOIR SOLUTION: 100 MM NAACETATE (PH 4.6), 30% MPD, AND 200 MM NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97899 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月7日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97899 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 26385 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Num. unique obs: 0 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 88.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.87→28.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 23.812 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.481 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.987 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.87→28.54 Å
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拘束条件 |
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