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Yorodumi- PDB-6ih7: Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ih7 | ||||||
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Title | Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibrio cholerae O395 - 3',3'-cGAMP bound form | ||||||
Components | cyclic di nucleotide phoshodiesterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / cyclic dinucleotide phosphodiesterase / nucleotide binding | ||||||
Function / homology | Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Chem-4BW / EAL domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2019 Title: Structures of c-di-GMP/cGAMP degrading phosphodiesterase VcEAL: identification of a novel conformational switch and its implication. Authors: Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ih7.cif.gz | 214.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ih7.ent.gz | 172 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ih7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/6ih7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/6ih7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ifqC 6ih1C 6ij2C 3gfxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29025.090 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C15S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (bacteria) Strain: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / Gene: VC0395_A1247 / Plasmid: pET28a+ / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A0H3AJ04, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG4000, sodium acetate, tris / PH range: 8-8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: BRUKER IMUS MICROFOCUS / Wavelength: 1.54179 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 8, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54179 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→55.974 Å / Num. obs: 22200 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GFX Resolution: 2.25→55.974 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.62
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 178.12 Å2 / Biso mean: 64.6215 Å2 / Biso min: 21.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→55.974 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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