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- PDB-6k6t: Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6t
タイトルCrystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibrio cholerae O395 - c-di-IMP bound form
要素EAL domain protein
キーワードHYDROLASE / cyclic dinucleotide phosphodiesterase / nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2I / EAL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibrio cholerae O395 - c-di-IMP bound form
著者: Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EAL domain protein
B: EAL domain protein
C: EAL domain protein
D: EAL domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,06316
ポリマ－116,1004
非ポリマー2,96212
水7,855436
1
A: EAL domain protein
D: EAL domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5318
ポリマ－58,0502
非ポリマー1,4816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
2
B: EAL domain protein
ヘテロ分子

C: EAL domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5318
ポリマ－58,0502
非ポリマー1,4816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.450, 42.540, 155.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 21 - 257 / Label seq-ID: 21 - 257

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

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要素

#1: タンパク質
EAL domain protein / EAL domain phosphodiesterase


分子量: 29025.090 Da / 分子数: 4 / 変異: C15S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A1247 / プラスミド: pET 28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AJ04, phosphodiesterase I
#2: 化合物
ChemComp-C2I / 9-[(1R,6R,8R,9S,10R,15S,17R,18S)-3,9,12,18-tetrakis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-17-(6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.3.0.0^{6,10}]octadecan-8-yl]-3H-purin-6-one


分子量: 660.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4000
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→51.51 Å / Num. obs: 47970 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 148871 / Scaling rejects: 64
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.273.10.6471264840640.680.4260.7771.696.1
9.07-51.512.90.10221807420.9820.070.1257.196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GFX

3gfx


解像度: 2.2→51.114 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 1990 4.16 %
Rwork0.197 --
obs0.1994 47885 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.06 Å2 / Biso mean: 44.8521 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→51.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7576 0 184 436 8196
Biso mean--34.16 38.36 -
残基数----948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28510756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1624660
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4612X-RAY DIFFRACTION20.634TORSIONAL
12B4612X-RAY DIFFRACTION20.634TORSIONAL
13C4612X-RAY DIFFRACTION20.634TORSIONAL
14D4612X-RAY DIFFRACTION20.634TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2550.35831400.30763202334295
2.255-2.3160.32331290.27293186331596
2.316-2.38420.29861450.25043231337696
2.3842-2.46110.27671330.23733229336296
2.4611-2.54910.31541430.22753214335796
2.5491-2.65110.29221410.22243276341797
2.6511-2.77180.2791350.22093236337197
2.7718-2.91790.27911490.20883262341197
2.9179-3.10070.30361500.20753278342898
3.1007-3.34010.23291370.18563304344198
3.3401-3.67610.21531480.17763326347498
3.6761-4.20780.18761510.16033342349398
4.2078-5.30050.241410.15583394353598
5.3005-51.12740.22431480.1853415356397
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.1106 Å / Origin y: -11.0933 Å / Origin z: -38.5939 Å
111213212223313233
T0.1988 Å20.0524 Å2-0.0178 Å2-0.1632 Å2-0.0028 Å2--0.264 Å2
L1.2742 °20.2865 °20.0662 °2-0.2864 °20.0574 °2--0.0925 °2
S0.0229 Å °0.0786 Å °0.0094 Å °-0.0212 Å °-0.0217 Å °-0.0084 Å °-0.0174 Å °0.0293 Å °0.0032 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA21 - 257
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 602
3X-RAY DIFFRACTION1allB21 - 257
4X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 602
5X-RAY DIFFRACTION1allC21 - 257
6X-RAY DIFFRACTION1allC501 - 602
7X-RAY DIFFRACTION1allD21 - 257
8X-RAY DIFFRACTION1allD501 - 602
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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