PDB-6ij2: Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ij2

タイトル

Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibrio cholerae O395 - 5'-pGpG bound form

要素

EAL domain protein
RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

キーワード

HYDROLASE / cyclic dinucleotide phosphodiesterase / nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Structures of c-di-GMP/cGAMP degrading phosphodiesterase VcEAL: identification of a novel conformational switch and its implication.
著者: Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.

履歴

登録	2018年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ij2.cif.gz	420.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ij2.ent.gz	341.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ij2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ij2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ij2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ifqC 6ih1C 6ih7C 3gfxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k6t-1 6ih1-1 6ih1-2 2olj-d 3bit-1 3mvb-d 3gye-d 1ltk-2 6tp8-2 6cob-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EAL domain protein

E: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

B: EAL domain protein

F: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

C: EAL domain protein

G: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

D: EAL domain protein

H: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

119 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EAL domain protein

E: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

D: EAL domain protein

H: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EAL domain protein

F: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

C: EAL domain protein

G: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.483, 42.711, 158.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	EAL domain protein 分子量: 29025.090 Da / 分子数: 4 / 変異: C15S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A1247 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AJ04
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PGPG)-3') 分子量: 645.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate / PH範囲: 3.6-5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→52.63 Å / Num. obs: 106944 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.87 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 361603

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.73	3.4	0.6	5230	0.882	0.384	0.715	99.5
9.31-52.63	2.9	0.029	709	0.998	0.023	0.037	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GFX

3gfx

解像度: 1.7→51.511 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	5277	4.95 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.1837	106643	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 242.01 Å² / B_iso mean: 44.8198 Å² / B_iso min: 16.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→51.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7556	188	16	613	8373
B_iso mean	-	-	60.95	46.49	-
残基数	-	-	-	-	952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	8018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.797	10744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.234	4724

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3609	190	0.3135	3300	3490	99
1.7193-1.7395	0.3353	166	0.2973	3390	3556	99
1.7395-1.7608	0.3112	175	0.276	3404	3579	99
1.7608-1.7831	0.3379	184	0.2572	3376	3560	99
1.7831-1.8065	0.2669	169	0.2419	3340	3509	99
1.8065-1.8313	0.2718	179	0.2281	3347	3526	99
1.8313-1.8574	0.2805	187	0.2324	3435	3622	99
1.8574-1.8852	0.2586	158	0.2143	3391	3549	99
1.8852-1.9146	0.2633	190	0.2069	3350	3540	99
1.9146-1.946	0.2508	179	0.2054	3380	3559	98
1.946-1.9796	0.2452	186	0.2051	3356	3542	98
1.9796-2.0156	0.2644	188	0.2013	3348	3536	98
2.0156-2.0543	0.2308	161	0.1981	3383	3544	99
2.0543-2.0963	0.2387	168	0.1912	3368	3536	98
2.0963-2.1418	0.2362	172	0.1881	3423	3595	99
2.1418-2.1917	0.2235	175	0.1818	3324	3499	98
2.1917-2.2465	0.2169	175	0.1773	3405	3580	98
2.2465-2.3072	0.2138	165	0.1804	3329	3494	98
2.3072-2.3751	0.2395	196	0.1798	3381	3577	97
2.3751-2.4518	0.2092	180	0.1789	3327	3507	98
2.4518-2.5394	0.2428	193	0.1812	3344	3537	98
2.5394-2.6411	0.2019	161	0.182	3377	3538	97
2.6411-2.7613	0.2187	176	0.1859	3223	3399	95
2.7613-2.9068	0.218	149	0.1803	3168	3317	91
2.9068-3.0889	0.2231	180	0.1799	3401	3581	98
3.0889-3.3274	0.1923	174	0.1633	3479	3653	99
3.3274-3.6621	0.2059	175	0.1634	3456	3631	100
3.6621-4.1919	0.1964	188	0.157	3471	3659	99
4.1919-5.2805	0.1918	149	0.1541	3556	3705	99
5.2805-51.5351	0.2151	189	0.201	3534	3723	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5599	-0.2497	0.7312	2.332	-0.0444	3.3835	0.0039	0.9844	0.0222	-0.5925	0.0092	-0.0634	0.1351	-0.0652	-0.0138	0.3131	-0.0042	-0.0091	0.652	-0.0559	0.3158	-42.6211	6.8504	-71.1158
2	4.0793	-1.457	0.2909	5.9425	2.7329	5.9118	-0.0005	0.868	1.139	-0.8676	0.2177	-0.44	-0.8406	0.3234	-0.2405	0.3788	-0.0181	0.0021	0.5837	0.1584	0.4987	-42.1717	16.9798	-68.2273
3	3.5696	0.2439	0.7336	1.6508	-0.2477	1.8423	0.0165	0.4027	0.2774	-0.1267	-0.1429	0.0046	-0.1066	0.0096	0.1242	0.1912	0.0213	0.0169	0.3743	-0.0042	0.2592	-36.1243	11.611	-56.9729
4	8.1186	-1.5477	3.8016	5.8367	1.9422	6.3324	0.0767	-1.0503	-1.888	0.9322	0.2735	0.045	1.3524	-0.8912	-0.4181	0.6059	-0.0853	-0.0356	0.6805	0.1326	0.7645	-46.8099	-6.49	-53.7687
5	3.307	0.0069	2.2732	2.0687	-0.3046	8.4771	-0.0731	0.9935	-0.2297	-0.177	0.1743	-0.2493	-0.0836	0.7097	0.1669	0.4644	-0.1037	-0.0194	0.8495	-0.1473	0.4198	-35.2967	3.7056	-66.5173
6	3.0002	-0.0086	-0.4368	2.0299	-0.2138	4.9017	0.092	-0.6278	0.2865	0.4189	0.0377	0.0715	-0.2896	-0.047	-0.0724	0.2186	0.0134	0.0118	0.338	0.0145	0.2557	-24.1918	6.2797	-8.8886
7	2.9546	-0.0975	0.9061	1.3359	0.1348	2.2332	0.0031	-0.2148	0.1637	0.0673	-0.0596	0.0262	-0.0539	0.0516	0.0311	0.1427	-0.0062	0.0352	0.1768	0.0312	0.195	-29.5354	8.408	-22.3228
8	2.3401	-0.5936	0.5356	0.324	0.3292	3.1353	0.0269	-0.5665	-0.1203	0.04	0.1185	0.1517	-0.0555	-0.3376	-0.023	0.332	-0.0103	-0.0057	0.4214	0.0785	0.3089	-31.4047	0.878	-13.309
9	4.3145	1.201	-0.9834	2.8778	0.0345	3.2252	0.1873	-0.5806	-0.08	0.5802	-0.0319	0.1111	0.0072	-0.2025	-0.1094	0.2244	0.0147	-0.0077	0.4115	0.0498	0.3178	-68.0048	15.9264	-16.6196
10	4.0602	0.1247	-0.7347	1.9022	-0.4369	1.7215	0.0077	-0.1287	-0.0467	0.1149	-0.0006	0.096	0.0167	-0.1367	-0.0173	0.1548	0.0062	-0.0142	0.1941	-0.0053	0.186	-55.5734	17.0194	-27.731
11	5.2574	-0.0712	-1.5606	0.4512	-0.9656	4.1346	0.1086	-1.0356	0.2315	0.4914	-0.155	-0.0571	-0.0276	-0.076	-0.083	0.4351	0.0199	0.0045	0.5068	-0.0705	0.4123	-58.9553	22.8274	-17.3083
12	4.7544	-0.7845	-0.1694	3.1626	0.0787	4.4525	0.0453	0.6787	-0.1887	-0.5398	0.0003	-0.0575	0.0031	0.1357	-0.0591	0.2511	-0.0295	-0.007	0.5589	-0.0151	0.3233	1.4331	18.6115	-61.842
13	4.2459	0.3564	-0.1924	1.9567	0.2584	1.4507	-0.0256	0.2851	-0.1394	-0.0998	-0.0065	-0.0349	0.0033	0.0769	0.0079	0.1895	0.007	-0.0258	0.295	0.0219	0.2103	-11.0889	18.6574	-50.6675
14	2.7464	0.2093	-0.8364	0.7083	1.0788	2.2657	0.0007	1.1011	0.543	-0.5209	-0.072	0.2567	-0.1227	-0.0636	0.0027	0.4017	-0.0123	0.0298	0.7643	0.1204	0.4573	-7.9591	25.4064	-60.5126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 85 )	A	22 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 108 )	A	86 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 109 through 245 )	A	109 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 246 through 257 )	A	246 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 503 through 504 )	E	503 - 504
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 22 through 107 )	B	22 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 108 through 257 )	B	108 - 257
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 503 through 504 )	F	503 - 504
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 22 through 117 )	C	22 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 118 through 257 )	C	118 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 503 through 504 )	G	503 - 504
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 22 through 117 )	D	22 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 118 through 257 )	D	118 - 257
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 503 through 504 )	H	503 - 504

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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