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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o7u | ||||||
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タイトル | Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Proton pump (プロトンポンプ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / P-type proton-exporting transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / P-type proton-exporting transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuole organization / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / RNA endonuclease activity / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / エンドサイトーシス / late endosome / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Vasanthakumar, T. / Bueler, S.A. / Wu, D. / Beilsten-Edmands, V. / Robinson, C.V. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural comparison of the vacuolar and Golgi V-ATPases from . 著者: Thamiya Vasanthakumar / Stephanie A Bueler / Di Wu / Victoria Beilsten-Edmands / Carol V Robinson / John L Rubinstein / 要旨: Proton-translocating vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are necessary for numerous processes in eukaryotic cells, including receptor-mediated endocytosis, protein maturation, and lysosomal ...Proton-translocating vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are necessary for numerous processes in eukaryotic cells, including receptor-mediated endocytosis, protein maturation, and lysosomal acidification. In mammals, V-ATPase subunit isoforms are differentially targeted to various intracellular compartments or tissues, but how these subunit isoforms influence enzyme activity is not clear. In the yeast , isoform diversity is limited to two different versions of the proton-translocating subunit a: Vph1p, which is targeted to the vacuole, and Stv1p, which is targeted to the Golgi apparatus and endosomes. We show that purified V-ATPase complexes containing Vph1p have higher ATPase activity than complexes containing Stv1p and that the relative difference in activity depends on the presence of lipids. We also show that V complexes containing Stv1p could be readily purified without attached V regions. We used this effect to determine structures of the membrane-embedded V region with Stv1p at 3.1-Å resolution, which we compare with a structure of the V region with Vph1p that we determine to 3.2-Å resolution. These maps reveal differences in the surface charge near the cytoplasmic proton half-channel. Both maps also show the presence of bound lipids, as well as regularly spaced densities that may correspond to ergosterol or bound detergent, around the c-ring. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o7u.cif.gz | 473.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o7u.ent.gz | 382.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/6o7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/6o7u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 0645MC 0644C 0646C 0647C 0648C 6o7tC 6o7vC 6o7wC 6o7xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-V-type proton ATPase subunit ... , 6種, 13分子 acdeghijklmno
#1: タンパク質 | 分子量: 104481.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P37296 | ||
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#3: タンパク質 | 分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23968 | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32366 | ||
#5: タンパク質 | 分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7B6 | ||
#7: タンパク質 | 分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25515 #8: タンパク質 | | 分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32842 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 bf
#2: タンパク質 | 分子量: 29694.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53262 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 9369.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C5R9 |
-詳細
配列の詳細 | Authors state that the C-terminal 3XFLAG tag of V-type proton ATPase subunit a was incorporated ...Authors state that the C-terminal 3XFLAG tag of V-type proton ATPase subunit a was incorporated into the chromosome of S. cerevisiae by homologous recombination. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 42.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163024 / 対称性のタイプ: POINT |