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- PDB-6nhv: Single particle reconstruction of DARPin and its bound GFP on a s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nhv
タイトルSingle particle reconstruction of DARPin and its bound GFP on a symmetric scaffold
要素
  • DARP14 - Subunit B
  • Subunit A-DARPin
  • superfolder GFP
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / protein engineering / symmetric scaffold / small protein cryo-EM / display platform
機能・相同性5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Tautomerase/MIF superfamily / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / aromatic compound catabolic process / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu, Y. / Huynh, D. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号
Department of Energy (United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteS10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteS10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteU24GM11679 米国
National Science Foundation (United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: A 3.8 Å resolution cryo-EM structure of a small protein bound to an imaging scaffold.
著者: Yuxi Liu / Duc T Huynh / Todd O Yeates /
要旨: Proteins smaller than about 50 kDa are currently too small to be imaged at high resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), leaving most protein molecules in the cell beyond the reach of this ...Proteins smaller than about 50 kDa are currently too small to be imaged at high resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), leaving most protein molecules in the cell beyond the reach of this powerful structural technique. Here we use a designed protein scaffold to bind and symmetrically display 12 copies of a small 26 kDa protein, green fluorescent protein (GFP). We show that the bound cargo protein is held rigidly enough to visualize it at a resolution of 3.8 Å by cryo-EM, where specific structural features of the protein are visible. The designed scaffold is modular and can be modified through modest changes in its amino acid sequence to bind and display diverse proteins for imaging, thus providing a general method to break through the lower size limitation in cryo-EM.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2018年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9374
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: superfolder GFP
N: DARP14 - Subunit B
O: DARP14 - Subunit B
R: Subunit A-DARPin
S: Subunit A-DARPin
T: Subunit A-DARPin
X: DARP14 - Subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,8167
ポリマ-173,8167
非ポリマー00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area14900 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area49140 Å2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド superfolder GFP


分子量: 26623.918 Da / 分子数: 1 / 変異: V206A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド DARP14 - Subunit B


分子量: 14346.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA1966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2D8
#3: タンパク質・ペプチド Subunit A-DARPin


分子量: 34717.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素

タイプ: COMPLEX

ID名称Entity IDParent-ID由来
1Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP1, 2, 30MULTIPLE SOURCES
2superfolder GFP11RECOMBINANT
3Subunit A with DARPin31RECOMBINANT
4Subunit B21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
23Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)70601
34Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
由来(組換発現)

Ncbi tax-ID: 562 / 生物種: Escherichia coli (大腸菌)

IDEntity assembly-ID
12
23
34
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分

Buffer-ID: 1

ID濃度名称
110 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO3
2500 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
31 mMDTTC4H10O2S2
40.5 %glycerolグリセリンC3H8O3
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 2.5 microliter of sample, 0 sec wait, 0 sec drain, 3 sec blot, -15 blot force, grids pre-treated with 0.1% poly-lysine for 6 hours

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ冷却材: NITROGEN / モデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1929
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION33次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 963036
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91211 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial local fitting by Chimera and individual residues refined using phenix.real_space_refine for the symmetric core and DARPin, rigid body refinement for GFP
原子モデル構築
IDPDB-ID3D fitting-ID
16C9K1
25MA81
34W6B1

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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